Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS13975

Experiment: Stem-Norland

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Norland
2,999,382	-				+0.8
2,999,393	+				-2.8
2,999,393	+				+0.7
2,999,393	+				-2.5
2,999,393	+				-2.1
2,999,393	+				-2.7
2,999,393	+				-2.0
2,999,393	+				-1.5
2,999,393	+				+0.8
2,999,393	+				-3.3
2,999,393	+				-2.0
2,999,393	+				+0.8
2,999,393	+				-0.2
2,999,393	+				-1.5
2,999,393	+				-2.2
2,999,394	-				-1.2
2,999,394	-				-2.0
2,999,394	-				-1.6
2,999,394	-				-0.8
2,999,394	-				-0.3
2,999,394	-				+0.1
2,999,394	-				-0.8
2,999,394	-				-1.2
2,999,394	-				+0.1
2,999,394	-				-2.0
2,999,395	+				-2.5
2,999,395	+				-2.0
2,999,395	+				+0.1
2,999,395	+				-2.6
2,999,395	+				-3.4
2,999,395	+				-1.0
2,999,395	+				-3.3
2,999,396	-				-0.8
2,999,396	-				-0.8
2,999,396	-				-0.2
2,999,396	-				+1.2
2,999,396	-				-1.2
2,999,396	-				+0.9
2,999,396	-				+1.0
2,999,396	-				+0.0
2,999,429	+				-2.6
2,999,430	-				-0.8
2,999,430	-				-0.6
2,999,432	+				-3.0
2,999,433	-				+0.1
2,999,433	-				-0.3
2,999,433	-				-1.1
2,999,457	+				-1.8
2,999,457	+				-1.0
2,999,457	+				-0.6
2,999,457	+				-2.5
2,999,458	-				-1.3
2,999,458	-				-1.8
2,999,458	-				+0.7
2,999,458	-				-1.6
2,999,458	-				-1.5
2,999,459	+				-1.2
2,999,460	-				+2.1
2,999,510	-				-2.9
2,999,543	+		DZA65_RS13970	0.12	-1.8
2,999,544	-		DZA65_RS13970	0.12	-4.1
2,999,657	+		DZA65_RS13970	0.24	-1.5
2,999,666	+		DZA65_RS13970	0.25	-1.8
2,999,667	-		DZA65_RS13970	0.25	-1.9
2,999,711	+		DZA65_RS13970	0.29	-1.5
2,999,711	+		DZA65_RS13970	0.29	-1.2
2,999,712	-		DZA65_RS13970	0.30	-3.3
2,999,712	-		DZA65_RS13970	0.30	-1.8
2,999,712	-		DZA65_RS13970	0.30	-2.5
2,999,722	-		DZA65_RS13970	0.31	-3.7
2,999,751	+		DZA65_RS13970	0.34	-2.3
2,999,751	+		DZA65_RS13970	0.34	-2.2
2,999,752	-		DZA65_RS13970	0.34	-2.5
2,999,764	-		DZA65_RS13970	0.35	-1.5
2,999,766	+		DZA65_RS13970	0.35	-2.5
2,999,766	+		DZA65_RS13970	0.35	-3.1
2,999,766	+		DZA65_RS13970	0.35	-3.1
2,999,767	-		DZA65_RS13970	0.35	-3.8
2,999,767	-		DZA65_RS13970	0.35	-1.5
2,999,767	-		DZA65_RS13970	0.35	-3.9
2,999,767	-		DZA65_RS13970	0.35	-2.3
2,999,767	-		DZA65_RS13970	0.35	-1.8
2,999,775	+		DZA65_RS13970	0.36	-1.2
2,999,775	+		DZA65_RS13970	0.36	-3.0
2,999,775	+		DZA65_RS13970	0.36	-0.8
2,999,775	+		DZA65_RS13970	0.36	-2.2
2,999,775	+		DZA65_RS13970	0.36	-4.0
2,999,776	-		DZA65_RS13970	0.36	-1.8
2,999,776	-		DZA65_RS13970	0.36	-2.4
2,999,776	-		DZA65_RS13970	0.36	-0.8
2,999,869	-		DZA65_RS13970	0.46	-1.6
2,999,869	-		DZA65_RS13970	0.46	-3.8
2,999,883	+		DZA65_RS13970	0.48	-2.2
2,999,916	+		DZA65_RS13970	0.51	+0.8
3,000,020	-		DZA65_RS13970	0.62	-3.4
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-2.5
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-1.3
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-1.4
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-1.6
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-3.0
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-1.2
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-2.0
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-1.8
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-0.8
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-2.9
3,000,158	+		DZA65_RS13970	0.76	-3.5
3,000,159	-		DZA65_RS13970	0.77	-2.8
3,000,159	-		DZA65_RS13970	0.77	-1.5
3,000,159	-		DZA65_RS13970	0.77	-3.9
3,000,159	-		DZA65_RS13970	0.77	-3.3
3,000,198	+		DZA65_RS13970	0.81	-0.6
3,000,225	+		DZA65_RS13970	0.83	-0.8
3,000,225	+		DZA65_RS13970	0.83	-3.8
3,000,226	-		DZA65_RS13970	0.84	-2.2
3,000,226	-		DZA65_RS13970	0.84	-3.8
3,000,226	-		DZA65_RS13970	0.84	-3.8
3,000,226	-		DZA65_RS13970	0.84	-2.8
3,000,226	-		DZA65_RS13970	0.84	-3.9
3,000,268	-		DZA65_RS13970	0.88	-0.8
3,000,310	+				-2.3
3,000,310	+				-1.2
3,000,310	+				-0.8
3,000,310	+				-2.0
3,000,310	+				-2.8
3,000,310	+				-2.6
3,000,310	+				-0.2
3,000,311	-				-1.5
3,000,311	-				-2.5
3,000,311	-				-2.6
3,000,311	-				-1.5
3,000,311	-				-2.0
3,000,311	-				-2.0
3,000,311	-				-2.2
3,000,311	-				-2.2
3,000,311	-				-0.2
3,000,311	-				-3.9
3,000,311	-				-1.8
3,000,311	-				-3.0
3,000,311	-				-0.8
3,000,330	+				-2.6
3,000,331	-				-2.0
3,000,331	-				+1.2
3,000,347	+				-0.8
3,000,347	+				-2.2
3,000,372	+				-3.5
3,000,373	-				-1.2
3,000,386	+				-1.2
3,000,386	+				-1.2
3,000,494	+				+0.2
3,000,494	+		DZA65_RS13975	0.10	-3.9
3,000,495	-		DZA65_RS13975	0.10	-1.5
3,000,500	+		DZA65_RS13975	0.11	-0.8
3,000,570	+		DZA65_RS13975	0.17	-1.5
3,000,644	+		DZA65_RS13975	0.24	-3.1
3,000,713	+		DZA65_RS13975	0.30	-1.2
3,000,713	+		DZA65_RS13975	0.30	-2.0
3,000,713	+		DZA65_RS13975	0.30	-2.8
3,000,713	+		DZA65_RS13975	0.30	-2.2
3,000,713	+		DZA65_RS13975	0.30	-1.2
3,000,714	-				-1.8
3,000,755	+		DZA65_RS13975	0.34	+0.2
3,000,755	+		DZA65_RS13975	0.34	-3.8
3,000,755	+		DZA65_RS13975	0.34	-3.1
3,000,755	+		DZA65_RS13975	0.34	-1.9
3,000,755	+		DZA65_RS13975	0.34	-2.3
3,000,755	+		DZA65_RS13975	0.34	-3.6
3,000,756	-		DZA65_RS13975	0.34	-1.4
3,000,756	-		DZA65_RS13975	0.34	-2.3
3,000,832	-		DZA65_RS13975	0.41	-3.2
3,000,832	-		DZA65_RS13975	0.41	-2.0
3,000,894	-		DZA65_RS13975	0.46	-2.8
3,000,912	+		DZA65_RS13975	0.48	-1.2
3,000,912	+		DZA65_RS13975	0.48	-3.1
3,000,913	-		DZA65_RS13975	0.48	-2.0
3,000,929	+		DZA65_RS13975	0.49	-2.0
3,000,929	+		DZA65_RS13975	0.49	-3.1
3,000,930	-		DZA65_RS13975	0.49	-0.8
3,000,930	-		DZA65_RS13975	0.49	-3.7
3,000,984	-		DZA65_RS13975	0.54	-1.2
3,000,986	+		DZA65_RS13975	0.55	-1.0
3,001,009	-		DZA65_RS13975	0.57	-1.3
3,001,056	+		DZA65_RS13975	0.61	-1.5
3,001,056	+		DZA65_RS13975	0.61	-0.8
3,001,056	+		DZA65_RS13975	0.61	-1.9
3,001,057	-		DZA65_RS13975	0.61	-3.0
3,001,057	-		DZA65_RS13975	0.61	-1.5
3,001,057	-		DZA65_RS13975	0.61	-2.2
3,001,057	-		DZA65_RS13975	0.61	-3.1
3,001,057	-		DZA65_RS13975	0.61	-2.0
3,001,057	-		DZA65_RS13975	0.61	-2.0
3,001,078	+		DZA65_RS13975	0.63	+0.2
3,001,078	+		DZA65_RS13975	0.63	-2.2
3,001,078	+		DZA65_RS13975	0.63	-2.0
3,001,078	+		DZA65_RS13975	0.63	-2.0
3,001,078	+		DZA65_RS13975	0.63	-2.3
3,001,078	+		DZA65_RS13975	0.63	-3.9
3,001,078	+		DZA65_RS13975	0.63	-2.0
3,001,079	-		DZA65_RS13975	0.63	-1.2
3,001,079	-		DZA65_RS13975	0.63	+0.8
3,001,079	-		DZA65_RS13975	0.63	-1.9
3,001,079	-		DZA65_RS13975	0.63	-3.1
3,001,152	-		DZA65_RS13975	0.69	-3.1
3,001,380	-				-1.8
3,001,397	+				-2.2
3,001,397	+				-1.2
3,001,397	+				-4.6
3,001,398	-				-0.2
3,001,398	-				-2.9
3,001,398	-				-3.1
3,001,481	+				-3.8
3,001,482	-				-2.2
3,001,482	-				-1.2
3,001,482	-				-2.6
3,001,493	+				-2.2
3,001,493	+				-0.4
3,001,493	+				-3.6
3,001,493	+				-3.8
3,001,494	-				-3.8
3,001,494	-				-3.1
3,001,494	-				-2.3
3,001,494	-				-2.6
3,001,494	-				-2.5
3,001,494	-				-0.2
3,001,494	-				-2.8
3,001,494	-				-2.9
3,001,494	-				-0.9
3,001,494	-				-3.2
3,001,494	-				-2.5
3,001,508	+				-2.2
3,001,508	+				-2.8
3,001,508	+				-2.3
3,001,509	-				-1.2
3,001,566	+				-0.8
3,001,567	-				-3.8
3,001,567	-				-3.0
3,001,571	+				-0.6
3,001,571	+				-1.2
3,001,571	+				-3.2
3,001,578	+				-2.0
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-1.6
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-4.2
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-4.5
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-0.2
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-2.0
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-0.8
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-1.8
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-1.3
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-2.5
3,001,586	+		DZA65_RS13980	0.11	-1.8
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-1.8
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-3.1
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-2.1
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-2.3
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-1.8
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-3.3
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-2.2
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-2.9
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-1.0
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-2.6
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-3.7
3,001,587	-		DZA65_RS13980	0.11	-4.2
3,001,594	-		DZA65_RS13980	0.12	-1.2
3,001,594	-		DZA65_RS13980	0.12	-3.3
3,001,622	-		DZA65_RS13980	0.16	-2.6
3,001,675	-		DZA65_RS13980	0.23	-2.2
3,001,693	-		DZA65_RS13980	0.26	-1.5
3,001,779	+		DZA65_RS13980	0.38	-4.4
3,001,779	+		DZA65_RS13980	0.38	-3.3
3,001,779	+		DZA65_RS13980	0.38	-1.5
3,001,779	+		DZA65_RS13980	0.38	-3.3
3,001,779	+		DZA65_RS13980	0.38	-0.8
3,001,780	-		DZA65_RS13980	0.38	-2.0
3,001,780	-		DZA65_RS13980	0.38	-1.3
3,001,780	-		DZA65_RS13980	0.38	-3.6
3,001,780	-		DZA65_RS13980	0.38	-4.0
3,001,780	-		DZA65_RS13980	0.38	+0.1
3,001,780	-		DZA65_RS13980	0.38	-0.8
3,001,782	+		DZA65_RS13980	0.38	-3.2
3,001,783	-		DZA65_RS13980	0.38	-3.0
3,001,833	+		DZA65_RS13980	0.45	-0.4
3,001,833	+		DZA65_RS13980	0.45	-2.2
3,001,834	-		DZA65_RS13980	0.46	-1.2
3,001,834	-		DZA65_RS13980	0.46	-2.9
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