Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS18625

Experiment: 150_an_nonmag_3

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	150_an_nonmag_3
4,044,607	-		AMB_RS18620	0.38	-2.0
4,044,624	-		AMB_RS18620	0.39	-0.4
4,044,657	+		AMB_RS18620	0.42	+0.6
4,044,657	+		AMB_RS18620	0.42	+0.3
4,044,657	+		AMB_RS18620	0.42	-0.1
4,044,657	+		AMB_RS18620	0.42	-0.1
4,044,657	+		AMB_RS18620	0.42	-0.0
4,044,657	+		AMB_RS18620	0.42	-0.8
4,044,657	+		AMB_RS18620	0.42	-0.2
4,044,658	-		AMB_RS18620	0.42	+0.1
4,044,658	-		AMB_RS18620	0.42	-0.3
4,044,658	-		AMB_RS18620	0.42	-0.2
4,044,658	-		AMB_RS18620	0.42	-0.3
4,044,711	+		AMB_RS18620	0.46	-0.8
4,044,711	+		AMB_RS18620	0.46	-0.4
4,044,711	+		AMB_RS18620	0.46	+0.2
4,044,712	-		AMB_RS18620	0.46	-0.0
4,044,712	-		AMB_RS18620	0.46	+0.1
4,044,712	-		AMB_RS18620	0.46	-1.6
4,044,807	+		AMB_RS18620	0.54	-2.0
4,044,807	+		AMB_RS18620	0.54	-1.6
4,044,834	+		AMB_RS18620	0.56	+0.7
4,044,834	+		AMB_RS18620	0.56	-1.0
4,044,834	+		AMB_RS18620	0.56	-0.1
4,044,835	-		AMB_RS18620	0.56	+0.1
4,044,958	+		AMB_RS18620	0.67	-0.0
4,044,959	-		AMB_RS18620	0.67	+0.2
4,045,078	+		AMB_RS18620	0.77	+0.4
4,045,106	+		AMB_RS18620	0.79	-0.4
4,045,106	+		AMB_RS18620	0.79	-0.3
4,045,107	-		AMB_RS18620	0.79	-0.5
4,045,107	-		AMB_RS18620	0.79	+1.0
4,045,127	+		AMB_RS18620	0.81	+0.1
4,045,128	-		AMB_RS18620	0.81	-0.4
4,045,239	-		AMB_RS18620	0.90	-0.0
4,045,328	+				-1.0
4,045,328	+				-0.1
4,045,329	-				+0.1
4,045,329	-				-0.3
4,045,342	-				-0.5
4,045,342	-				-2.1
4,045,412	-				-1.6
4,045,531	-				-0.1
4,045,531	-				-1.0
4,045,568	+		AMB_RS18625	0.12	+1.6
4,045,568	+		AMB_RS18625	0.12	+0.6
4,045,569	-		AMB_RS18625	0.12	-0.9
4,045,569	-		AMB_RS18625	0.12	-0.4
4,045,569	-		AMB_RS18625	0.12	+0.2
4,045,569	-		AMB_RS18625	0.12	+0.0
4,045,577	+		AMB_RS18625	0.13	+0.4
4,045,577	+		AMB_RS18625	0.13	+0.2
4,045,577	+		AMB_RS18625	0.13	+0.0
4,045,577	+		AMB_RS18625	0.13	-0.4
4,045,578	-		AMB_RS18625	0.13	-0.8
4,045,578	-		AMB_RS18625	0.13	-1.0
4,045,646	+		AMB_RS18625	0.20	-0.4
4,045,646	+		AMB_RS18625	0.20	+0.1
4,045,647	-		AMB_RS18625	0.20	+0.1
4,045,735	-		AMB_RS18625	0.29	+0.6
4,045,758	+		AMB_RS18625	0.32	-0.2
4,045,759	-		AMB_RS18625	0.32	-1.4
4,045,772	+		AMB_RS18625	0.33	-1.6
4,045,772	+		AMB_RS18625	0.33	-0.4
4,045,772	+		AMB_RS18625	0.33	-0.4
4,045,772	+		AMB_RS18625	0.33	-0.2
4,045,881	+		AMB_RS18625	0.45	-1.8
4,045,881	+		AMB_RS18625	0.45	+0.1
4,045,884	+		AMB_RS18625	0.45	+0.6
4,045,884	+		AMB_RS18625	0.45	+0.0
4,045,884	+		AMB_RS18625	0.45	-1.2
4,045,884	+		AMB_RS18625	0.45	-2.8
4,045,884	+		AMB_RS18625	0.45	-0.3
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-0.2
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-2.0
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-0.1
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-0.2
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-3.1
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-1.9
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-1.4
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-0.8
4,045,885	-		AMB_RS18625	0.45	-0.5
4,045,896	+		AMB_RS18625	0.46	-0.8
4,045,934	-		AMB_RS18625	0.50	-0.1
4,045,934	-		AMB_RS18625	0.50	+0.9
4,046,007	+		AMB_RS18625	0.58	-0.4
4,046,007	+		AMB_RS18625	0.58	-0.0
4,046,021	-		AMB_RS18625	0.59	-0.8
4,046,021	-		AMB_RS18625	0.59	-0.4
4,046,021	-		AMB_RS18625	0.59	-2.0
4,046,046	+		AMB_RS18625	0.62	+0.5
4,046,047	-		AMB_RS18625	0.62	+0.6
4,046,047	-		AMB_RS18625	0.62	-0.2
4,046,047	-		AMB_RS18625	0.62	-0.8
4,046,047	-		AMB_RS18625	0.62	-0.3
4,046,093	-		AMB_RS18625	0.67	+0.6
4,046,113	+		AMB_RS18625	0.69	-0.1
4,046,114	-		AMB_RS18625	0.69	-0.0
4,046,114	-		AMB_RS18625	0.69	-0.4
4,046,149	+		AMB_RS18625	0.72	+0.6
4,046,149	+		AMB_RS18625	0.72	-1.4
4,046,149	+		AMB_RS18625	0.72	-0.9
4,046,149	+		AMB_RS18625	0.72	-0.3
4,046,149	+		AMB_RS18625	0.72	-2.0
4,046,149	+		AMB_RS18625	0.72	-0.4
4,046,150	-		AMB_RS18625	0.73	-0.2
4,046,150	-		AMB_RS18625	0.73	-1.6
4,046,150	-		AMB_RS18625	0.73	-3.4
4,046,150	-		AMB_RS18625	0.73	-3.6
4,046,194	+		AMB_RS18625	0.77	+0.8
4,046,194	+		AMB_RS18625	0.77	-0.8
4,046,195	-		AMB_RS18625	0.77	+0.6
4,046,195	-		AMB_RS18625	0.77	-0.4
4,046,233	+		AMB_RS18625	0.81	+0.6
4,046,233	+		AMB_RS18625	0.81	-0.1
4,046,233	+		AMB_RS18625	0.81	-0.0
4,046,236	+		AMB_RS18625	0.82	+0.8
4,046,261	+		AMB_RS18625	0.84	-1.6
4,046,261	+		AMB_RS18625	0.84	+0.1
4,046,261	+		AMB_RS18625	0.84	+0.6
4,046,262	-		AMB_RS18625	0.84	-1.6
4,046,465	+				+0.6
4,046,467	+				-2.2
4,046,467	+				-1.2
4,046,467	+				-1.0
4,046,467	+				-0.4
4,046,467	+				-1.2
4,046,467	+				-2.5
4,046,467	+				+0.6
4,046,467	+				-2.3
4,046,467	+				-1.1
4,046,468	-				-0.4
4,046,468	-				-0.0
4,046,468	-				+0.6
4,046,468	-				-0.0
4,046,468	-				-0.8
4,046,468	-				-2.1
4,046,546	-				-0.0
4,046,546	-				-2.0
4,046,676	+		AMB_RS18630	0.18	-0.5
4,046,677	-		AMB_RS18630	0.18	+1.3
4,046,677	-		AMB_RS18630	0.18	-2.8
4,046,687	-		AMB_RS18630	0.19	-0.8
4,046,687	-		AMB_RS18630	0.19	+1.6
4,046,719	+		AMB_RS18630	0.21	-0.4
4,046,738	-		AMB_RS18630	0.23	-1.2
4,046,746	+		AMB_RS18630	0.23	+0.6
4,046,746	+		AMB_RS18630	0.23	-0.0
4,046,746	+		AMB_RS18630	0.23	+1.0
4,046,746	+		AMB_RS18630	0.23	-0.4
4,046,746	+		AMB_RS18630	0.23	+0.8
4,046,746	+		AMB_RS18630	0.23	+0.1
4,046,747	-		AMB_RS18630	0.23	-0.4
4,046,748	+		AMB_RS18630	0.23	-0.1
4,046,748	+		AMB_RS18630	0.23	-1.2
4,046,748	+		AMB_RS18630	0.23	-0.2
4,046,748	+		AMB_RS18630	0.23	-1.8
4,046,749	-		AMB_RS18630	0.23	-1.1
4,046,749	-		AMB_RS18630	0.23	+1.6
4,046,749	-		AMB_RS18630	0.23	-0.3
4,046,784	-		AMB_RS18630	0.26	-0.8
4,046,784	-		AMB_RS18630	0.26	-2.0
4,046,784	-		AMB_RS18630	0.26	+0.1
4,046,809	+		AMB_RS18630	0.28	-0.6
4,046,810	-		AMB_RS18630	0.28	-0.3
4,046,877	+		AMB_RS18630	0.32	-0.6
4,046,878	-		AMB_RS18630	0.32	+0.6
4,046,878	-		AMB_RS18630	0.32	-0.4
4,046,931	+		AMB_RS18630	0.36	-0.2
4,046,931	+		AMB_RS18630	0.36	+0.0
4,046,932	-		AMB_RS18630	0.36	-0.7
4,046,932	-		AMB_RS18630	0.36	-0.5
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-2.0
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-0.8
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.9
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.0
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-0.5
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.0
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-0.9
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.3
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	+1.6
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.6
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-0.6
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.9
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.2
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	+0.8
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.1
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	+0.2
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-2.3
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.4
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.6
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	+0.6
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.0
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	+0.6
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.4
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	+0.1
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	+1.8
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.3
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.9
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.2
4,047,060	+		AMB_RS18630	0.45	+0.6
4,047,060	+		AMB_RS18630	0.45	+2.6
4,047,061	-		AMB_RS18630	0.45	+0.4
4,047,061	-		AMB_RS18630	0.45	-0.8
4,047,061	-		AMB_RS18630	0.45	-0.0
4,047,082	+		AMB_RS18630	0.47	+1.6
4,047,082	+		AMB_RS18630	0.47	+0.0
4,047,082	+		AMB_RS18630	0.47	-0.8
4,047,083	-		AMB_RS18630	0.47	-1.2
4,047,088	-		AMB_RS18630	0.47	-1.2
4,047,165	+		AMB_RS18630	0.52	+0.6
4,047,165	+		AMB_RS18630	0.52	-0.4
4,047,200	+		AMB_RS18630	0.55	-0.0
4,047,263	+		AMB_RS18630	0.59	-1.9
4,047,263	+		AMB_RS18630	0.59	+0.5
4,047,263	+		AMB_RS18630	0.59	-0.2
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	-0.8
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	+1.1
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	+0.4
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	-0.4
4,047,342	+		AMB_RS18630	0.65	-1.0
4,047,376	+		AMB_RS18630	0.67	-1.2
4,047,377	-		AMB_RS18630	0.67	+0.5
4,047,377	-		AMB_RS18630	0.67	-0.3
4,047,377	-		AMB_RS18630	0.67	-1.8