Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS18635

Experiment: 30_an_nonmag_3

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_an_nonmag_3
4,046,877	+		AMB_RS18630	0.32	-1.5
4,046,878	-		AMB_RS18630	0.32	+0.5
4,046,878	-		AMB_RS18630	0.32	-0.5
4,046,931	+		AMB_RS18630	0.36	-0.5
4,046,931	+		AMB_RS18630	0.36	-0.2
4,046,932	-		AMB_RS18630	0.36	-2.3
4,046,932	-		AMB_RS18630	0.36	-1.2
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-2.1
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-0.8
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.9
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.1
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	+1.2
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.1
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-0.6
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-2.8
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	+1.5
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.6
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	+0.1
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	+1.1
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	-1.3
4,047,058	+		AMB_RS18630	0.45	+1.6
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.7
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.3
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-2.4
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.5
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.6
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	+0.5
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.1
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	+0.5
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.5
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.5
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.1
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-0.5
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.9
4,047,059	-		AMB_RS18630	0.45	-1.3
4,047,060	+		AMB_RS18630	0.45	-0.5
4,047,060	+		AMB_RS18630	0.45	+1.1
4,047,061	-		AMB_RS18630	0.45	+0.1
4,047,061	-		AMB_RS18630	0.45	-1.8
4,047,061	-		AMB_RS18630	0.45	+1.3
4,047,082	+		AMB_RS18630	0.47	+1.5
4,047,082	+		AMB_RS18630	0.47	-0.5
4,047,082	+		AMB_RS18630	0.47	+0.6
4,047,083	-		AMB_RS18630	0.47	-0.2
4,047,088	-		AMB_RS18630	0.47	-1.3
4,047,165	+		AMB_RS18630	0.52	+0.2
4,047,165	+		AMB_RS18630	0.52	-0.5
4,047,200	+		AMB_RS18630	0.55	-0.1
4,047,263	+		AMB_RS18630	0.59	-0.9
4,047,263	+		AMB_RS18630	0.59	+0.6
4,047,263	+		AMB_RS18630	0.59	-0.3
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	-0.8
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	+0.4
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	+1.1
4,047,264	-		AMB_RS18630	0.59	-0.0
4,047,342	+		AMB_RS18630	0.65	-1.1
4,047,376	+		AMB_RS18630	0.67	-1.3
4,047,377	-		AMB_RS18630	0.67	-0.5
4,047,377	-		AMB_RS18630	0.67	-0.5
4,047,377	-		AMB_RS18630	0.67	-1.8
4,047,419	-		AMB_RS18630	0.70	-1.1
4,047,419	-		AMB_RS18630	0.70	+0.2
4,047,491	+		AMB_RS18630	0.75	-1.3
4,047,491	+		AMB_RS18630	0.75	+0.5
4,047,492	-		AMB_RS18630	0.75	-1.3
4,047,540	+		AMB_RS18630	0.79	+0.0
4,047,635	+		AMB_RS18630	0.85	-2.3
4,047,636	-		AMB_RS18630	0.85	-0.5
4,047,722	+				-2.1
4,047,841	+				-0.1
4,047,841	+				+0.2
4,047,841	+				-0.5
4,047,841	+				-1.3
4,047,842	-				-0.8
4,047,854	-				-0.1
4,047,888	+				-1.6
4,047,888	+				-0.5
4,047,891	-				-0.7
4,047,891	-				+0.7
4,047,891	-				-1.2
4,047,895	-				-0.0
4,047,916	+				-0.8
4,047,917	-				-1.3
4,047,950	+				-3.5
4,047,995	+				-0.1
4,047,996	-				-1.5
4,047,996	-				-0.5
4,048,045	+		AMB_RS18635	0.13	-0.2
4,048,055	-		AMB_RS18635	0.14	-0.5
4,048,055	-		AMB_RS18635	0.14	+0.1
4,048,055	-		AMB_RS18635	0.14	-0.5
4,048,055	-		AMB_RS18635	0.14	-0.1
4,048,055	-		AMB_RS18635	0.14	-1.5
4,048,055	-		AMB_RS18635	0.14	-1.3
4,048,057	-		AMB_RS18635	0.14	-1.2
4,048,265	-		AMB_RS18635	0.28	-1.3
4,048,312	-		AMB_RS18635	0.31	-0.1
4,048,453	+		AMB_RS18635	0.40	-0.1
4,048,481	-		AMB_RS18635	0.42	-0.1
4,048,530	+		AMB_RS18635	0.45	-1.1
4,048,531	-		AMB_RS18635	0.46	-0.6
4,048,531	-		AMB_RS18635	0.46	-0.7
4,048,531	-		AMB_RS18635	0.46	-0.1
4,048,555	+		AMB_RS18635	0.47	-1.4
4,048,555	+		AMB_RS18635	0.47	-2.2
4,048,556	-		AMB_RS18635	0.47	+1.6
4,048,556	-		AMB_RS18635	0.47	-1.6
4,048,556	-		AMB_RS18635	0.47	-1.1
4,048,632	+		AMB_RS18635	0.52	-1.1
4,048,632	+		AMB_RS18635	0.52	+0.7
4,048,632	+		AMB_RS18635	0.52	-1.3
4,048,632	+		AMB_RS18635	0.52	-1.9
4,048,632	+		AMB_RS18635	0.52	-1.1
4,048,636	+		AMB_RS18635	0.52	-2.1
4,048,637	-		AMB_RS18635	0.53	-1.5
4,048,642	+		AMB_RS18635	0.53	+0.2
4,048,642	+		AMB_RS18635	0.53	+0.6
4,048,643	-		AMB_RS18635	0.53	+1.5
4,048,643	-		AMB_RS18635	0.53	-2.5
4,048,643	-		AMB_RS18635	0.53	-0.1
4,048,643	-		AMB_RS18635	0.53	+0.3
4,048,653	+		AMB_RS18635	0.54	+3.8
4,048,653	+		AMB_RS18635	0.54	-0.1
4,048,653	+		AMB_RS18635	0.54	-0.9
4,048,654	-		AMB_RS18635	0.54	-1.6
4,048,700	+		AMB_RS18635	0.57	-0.0
4,048,739	+		AMB_RS18635	0.59	-3.3
4,048,740	-		AMB_RS18635	0.59	+0.0
4,048,741	+		AMB_RS18635	0.59	-0.5
4,048,920	+		AMB_RS18635	0.71	-0.7
4,048,921	-		AMB_RS18635	0.71	+0.4
4,048,921	-		AMB_RS18635	0.71	+0.5
4,048,949	+		AMB_RS18635	0.73	-1.1
4,048,949	+		AMB_RS18635	0.73	+0.5
4,048,949	+		AMB_RS18635	0.73	-3.1
4,048,950	-		AMB_RS18635	0.73	-0.3
4,048,950	-		AMB_RS18635	0.73	-1.9
4,048,950	-		AMB_RS18635	0.73	-3.8
4,048,956	-		AMB_RS18635	0.74	-0.1
4,048,999	+		AMB_RS18635	0.77	+0.5
4,048,999	+		AMB_RS18635	0.77	-1.9
4,049,000	-		AMB_RS18635	0.77	-0.4
4,049,000	-		AMB_RS18635	0.77	-1.5
4,049,000	-		AMB_RS18635	0.77	-1.6
4,049,109	+		AMB_RS18635	0.84	-0.5
4,049,110	-		AMB_RS18635	0.84	+0.3
4,049,118	+		AMB_RS18635	0.85	+0.4
4,049,119	-		AMB_RS18635	0.85	-0.8
4,049,161	+		AMB_RS18635	0.87	+1.2
4,049,161	+		AMB_RS18635	0.87	+0.9
4,049,162	-		AMB_RS18635	0.87	+0.5
4,049,162	-		AMB_RS18635	0.87	-2.1
4,049,165	+		AMB_RS18635	0.88	-2.7
4,049,166	-		AMB_RS18635	0.88	-1.1
4,049,166	-		AMB_RS18635	0.88	-1.9
4,049,230	+				+0.3
4,049,231	-				-0.4
4,049,231	-				-1.5
4,049,303	-				-1.1
4,049,303	-				-0.8
4,049,303	-				+0.4
4,049,323	+				-2.1
4,049,323	+				-2.3
4,049,323	+				-0.5
4,049,343	-				-1.1
4,049,361	+				-1.3
4,049,380	-				-1.5
4,049,553	+		AMB_RS18640	0.17	+0.4
4,049,646	+		AMB_RS18640	0.32	-1.3
4,049,646	+		AMB_RS18640	0.32	-0.1
4,049,646	+		AMB_RS18640	0.32	-0.5
4,049,657	+		AMB_RS18640	0.34	-0.5
4,049,657	+		AMB_RS18640	0.34	-1.5
4,049,658	-		AMB_RS18640	0.34	-2.1
4,049,727	+		AMB_RS18640	0.45	-0.1
4,049,764	-		AMB_RS18640	0.51	-2.9
4,049,796	+		AMB_RS18640	0.56	-0.5
4,049,796	+		AMB_RS18640	0.56	-0.8
4,049,796	+		AMB_RS18640	0.56	+0.5
4,049,797	-		AMB_RS18640	0.57	+0.5
4,049,823	-		AMB_RS18640	0.61	+0.1
4,049,845	-		AMB_RS18640	0.64	-0.3
4,049,921	+		AMB_RS18640	0.77	-0.0
4,049,921	+		AMB_RS18640	0.77	-2.8
4,049,921	+		AMB_RS18640	0.77	-0.1
4,049,922	-		AMB_RS18640	0.77	-3.2
4,049,922	-		AMB_RS18640	0.77	-0.1
4,049,922	-		AMB_RS18640	0.77	-0.5
4,049,973	-		AMB_RS18640	0.85	+0.3
4,049,973	-		AMB_RS18640	0.85	-1.5
4,050,054	-				+0.2
4,050,054	-				-0.2
4,050,065	+				-2.3
4,050,065	+				-0.2
4,050,065	+				-0.3
4,050,066	-				-0.2
4,050,066	-				-0.2
4,050,066	-				-2.3
4,050,086	+				+0.1
4,050,086	+				+1.2
4,050,086	+				-1.3
4,050,087	-				+0.5
4,050,087	-				-1.9
4,050,087	-				+1.5
4,050,196	+		AMB_RS18645	0.22	-0.8
4,050,233	+		AMB_RS18645	0.28	-1.6
4,050,233	+		AMB_RS18645	0.28	-0.1
4,050,234	-		AMB_RS18645	0.28	-0.5
4,050,234	-		AMB_RS18645	0.28	-3.5
4,050,293	+		AMB_RS18645	0.38	-1.5
4,050,293	+		AMB_RS18645	0.38	-0.8
4,050,294	-		AMB_RS18645	0.38	-0.0