Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS14220

Experiment: 30_an_nonmag_3

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_an_nonmag_3
3,020,762	-		AMB_RS14215	0.14	+1.8
3,020,804	+		AMB_RS14215	0.19	+0.4
3,020,804	+		AMB_RS14215	0.19	-0.9
3,020,805	-		AMB_RS14215	0.19	-1.7
3,020,805	-		AMB_RS14215	0.19	+0.5
3,020,805	-		AMB_RS14215	0.19	-3.7
3,021,117	-		AMB_RS14215	0.49	-0.2
3,021,131	+		AMB_RS14215	0.51	-2.0
3,021,131	+		AMB_RS14215	0.51	-1.6
3,021,131	+		AMB_RS14215	0.51	-1.9
3,021,132	-		AMB_RS14215	0.51	-0.1
3,021,236	+		AMB_RS14215	0.61	-1.6
3,021,254	+		AMB_RS14215	0.63	+0.2
3,021,254	+		AMB_RS14215	0.63	+0.4
3,021,254	+		AMB_RS14215	0.63	-1.4
3,021,255	-		AMB_RS14215	0.63	+0.2
3,021,255	-		AMB_RS14215	0.63	-0.6
3,021,255	-		AMB_RS14215	0.63	-1.9
3,021,506	+		AMB_RS14215	0.87	+1.0
3,021,507	-		AMB_RS14215	0.87	-3.6
3,021,648	+				-2.5
3,021,698	+				-2.5
3,021,698	+				-0.4
3,021,698	+				-2.2
3,021,698	+				+1.4
3,021,698	+				-0.9
3,021,698	+				-1.2
3,021,698	+				-2.2
3,021,698	+				-0.7
3,021,698	+				+0.4
3,021,698	+				-1.4
3,021,698	+				-0.9
3,021,698	+				-1.9
3,021,699	-				-1.9
3,021,699	-				+4.0
3,021,699	-				-0.6
3,021,699	-				-0.3
3,021,840	-				+1.5
3,021,884	+		AMB_RS14220	0.10	-1.2
3,021,885	-		AMB_RS14220	0.11	+1.3
3,021,917	+		AMB_RS14220	0.12	+0.0
3,021,917	+		AMB_RS14220	0.12	+0.3
3,021,917	+		AMB_RS14220	0.12	-0.2
3,021,923	+		AMB_RS14220	0.13	-2.3
3,021,923	+		AMB_RS14220	0.13	-1.6
3,021,923	+		AMB_RS14220	0.13	-2.4
3,021,929	+		AMB_RS14220	0.13	-1.7
3,021,929	+		AMB_RS14220	0.13	-2.6
3,021,929	+		AMB_RS14220	0.13	-1.2
3,021,929	+		AMB_RS14220	0.13	-0.8
3,021,929	+		AMB_RS14220	0.13	+0.6
3,021,929	+		AMB_RS14220	0.13	+0.3
3,021,929	+		AMB_RS14220	0.13	-1.9
3,021,930	-		AMB_RS14220	0.13	+0.3
3,021,930	-		AMB_RS14220	0.13	+0.8
3,021,930	-		AMB_RS14220	0.13	-2.0
3,021,930	-		AMB_RS14220	0.13	-3.0
3,021,957	+		AMB_RS14220	0.15	+1.0
3,021,958	-		AMB_RS14220	0.15	-0.8
3,021,958	-		AMB_RS14220	0.15	+0.6
3,021,958	-		AMB_RS14220	0.15	-2.0
3,021,959	+		AMB_RS14220	0.15	-0.5
3,021,959	+		AMB_RS14220	0.15	-0.0
3,021,959	+		AMB_RS14220	0.15	-0.2
3,021,959	+		AMB_RS14220	0.15	-0.5
3,021,959	+		AMB_RS14220	0.15	+1.3
3,021,959	+		AMB_RS14220	0.15	+0.4
3,021,959	+		AMB_RS14220	0.15	-2.0
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-1.3
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-0.2
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	+0.8
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	+0.4
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-2.5
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	+0.9
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-2.6
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-0.2
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-3.4
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-0.1
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-1.2
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-1.9
3,021,960	-		AMB_RS14220	0.15	-1.0
3,022,103	+		AMB_RS14220	0.23	-1.7
3,022,103	+		AMB_RS14220	0.23	-0.6
3,022,104	-		AMB_RS14220	0.23	-0.6
3,022,104	-		AMB_RS14220	0.23	+0.4
3,022,104	-		AMB_RS14220	0.23	-1.0
3,022,104	-		AMB_RS14220	0.23	-1.2
3,022,374	-		AMB_RS14220	0.38	-1.7
3,022,374	-		AMB_RS14220	0.38	+0.0
3,022,374	-		AMB_RS14220	0.38	-3.3
3,022,505	+		AMB_RS14220	0.45	-1.2
3,022,542	+		AMB_RS14220	0.47	+1.9
3,022,542	+		AMB_RS14220	0.47	-2.6
3,022,542	+		AMB_RS14220	0.47	+0.1
3,022,543	-		AMB_RS14220	0.47	+0.0
3,022,543	-		AMB_RS14220	0.47	-0.9
3,022,544	+		AMB_RS14220	0.47	+0.2
3,022,544	+		AMB_RS14220	0.47	-3.2
3,022,544	+		AMB_RS14220	0.47	-1.2
3,022,544	+		AMB_RS14220	0.47	-3.4
3,022,545	-		AMB_RS14220	0.47	+1.4
3,022,545	-		AMB_RS14220	0.47	+0.5
3,022,545	-		AMB_RS14220	0.47	-3.0
3,022,545	-		AMB_RS14220	0.47	+0.2
3,022,589	+		AMB_RS14220	0.50	-1.7
3,022,590	-		AMB_RS14220	0.50	+0.4
3,022,617	+		AMB_RS14220	0.51	-1.7
3,022,617	+		AMB_RS14220	0.51	-0.3
3,022,618	-		AMB_RS14220	0.52	-1.7
3,022,618	-		AMB_RS14220	0.52	-0.6
3,022,618	-		AMB_RS14220	0.52	-0.2
3,022,631	+		AMB_RS14220	0.52	+1.4
3,022,631	+		AMB_RS14220	0.52	+0.3
3,022,631	+		AMB_RS14220	0.52	-0.6
3,022,631	+		AMB_RS14220	0.52	+0.4
3,022,631	+		AMB_RS14220	0.52	-0.1
3,022,631	+		AMB_RS14220	0.52	-2.5
3,022,631	+		AMB_RS14220	0.52	-0.1
3,022,632	-		AMB_RS14220	0.52	-1.0
3,022,634	+		AMB_RS14220	0.52	+0.1
3,022,742	+		AMB_RS14220	0.58	-0.2
3,022,742	+		AMB_RS14220	0.58	-0.8
3,022,743	-		AMB_RS14220	0.59	-0.2
3,023,246	+		AMB_RS14220	0.87	-0.2
3,023,261	+		AMB_RS14220	0.87	+0.8
3,023,261	+		AMB_RS14220	0.87	-0.2
3,023,261	+		AMB_RS14220	0.87	-1.4
3,023,261	+		AMB_RS14220	0.87	-0.4
3,023,261	+		AMB_RS14220	0.87	-0.1
3,023,262	-		AMB_RS14220	0.88	-1.7
3,023,262	-		AMB_RS14220	0.88	-0.6
3,023,342	+				-0.6
3,023,342	+				-0.1
3,023,473	+				+0.5
3,023,474	-				+1.9
3,023,474	-				-3.2
3,023,474	-				-0.6
3,023,510	+				-1.9
3,023,510	+				-0.4
3,023,510	+				-1.4
3,023,510	+				+0.2
3,023,510	+				-2.2
3,023,510	+				+0.4
3,023,510	+				-2.5
3,023,510	+				-0.5
3,023,511	-				+0.2
3,023,511	-				-3.4
3,023,511	-				+0.5
3,023,511	-				-0.3
3,023,511	-				-0.9
3,023,511	-				+0.3
3,023,512	+				-4.4
3,023,512	+				+0.0
3,023,512	+				-1.2
3,023,513	-				-0.9
3,023,550	+				+0.3
3,023,550	+				-1.8
3,023,550	+				+0.5
3,023,551	-				-1.9
3,023,551	-				-0.6
3,023,551	-				-1.1
3,023,551	-				+0.5
3,023,551	-				-0.0
3,023,551	-				-1.7
3,023,551	-				+0.6
3,023,551	-				+0.3
3,023,558	+				+0.2
3,023,830	+		AMB_RS14225	0.16	+0.8
3,023,830	+		AMB_RS14225	0.16	-0.5
3,023,831	-		AMB_RS14225	0.16	-0.3
3,023,842	-		AMB_RS14225	0.16	-0.6
3,023,842	-		AMB_RS14225	0.16	-0.9
3,024,112	+		AMB_RS14225	0.31	-1.4
3,024,112	+		AMB_RS14225	0.31	-1.9
3,024,113	-		AMB_RS14225	0.31	-0.5
3,024,260	-		AMB_RS14225	0.39	-0.4
3,024,260	-		AMB_RS14225	0.39	-0.1
3,024,280	+		AMB_RS14225	0.41	+0.9
3,024,280	+		AMB_RS14225	0.41	-0.4
3,024,281	-		AMB_RS14225	0.41	+1.0
3,024,281	-		AMB_RS14225	0.41	+1.9