Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1

Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS00475

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

download SVG

download strain data

Per-strain Table

Position	Strand	LocusTag	Fraction	30_an_nonmag_3
				remove
103,912	+			-1.0
103,912	+			-1.6
103,912	+			-1.1
103,912	+			+0.3
103,912	+			+0.1
103,912	+			-0.1
103,912	+			-1.0
103,912	+			-1.6
103,913	-			+1.7
103,913	-			-0.5
103,913	-			-0.3
103,913	-			-0.3
103,913	-			+0.1
103,913	-			-1.9
103,913	-			-0.6
103,913	-			-3.4
103,913	-			-4.1
103,913	-			-1.7
103,913	-			+1.7
103,981	+			-1.5
103,981	+			+0.7
103,982	-			-2.2
103,982	-			-1.8
103,988	+			-1.1
103,989	-			-0.6
103,989	-			+0.7
103,989	-			-0.3
103,989	-			-3.1
103,989	-			-2.1
103,989	-			-3.2
103,989	-			-1.1
104,026	+	AMB_RS00470	0.12	+0.1
104,026	+	AMB_RS00470	0.12	-1.8
104,027	-	AMB_RS00470	0.13	-3.3
104,027	-	AMB_RS00470	0.13	-0.9
104,027	-	AMB_RS00470	0.13	-0.3
104,090	+	AMB_RS00470	0.19	-4.5
104,090	+	AMB_RS00470	0.19	-1.5
104,090	+	AMB_RS00470	0.19	-1.6
104,090	+	AMB_RS00470	0.19	+1.7
104,090	+	AMB_RS00470	0.19	-1.1
104,090	+	AMB_RS00470	0.19	-1.9
104,091	-	AMB_RS00470	0.19	-0.6
104,091	-	AMB_RS00470	0.19	-1.8
104,091	-	AMB_RS00470	0.19	-1.3
104,091	-	AMB_RS00470	0.19	-0.3
104,170	+	AMB_RS00470	0.28	-1.6
104,171	-	AMB_RS00470	0.28	-2.4
104,171	-	AMB_RS00470	0.28	-1.2
104,245	-	AMB_RS00470	0.36	-2.3
104,245	-	AMB_RS00470	0.36	+2.2
104,248	+	AMB_RS00470	0.36	-0.3
104,248	+	AMB_RS00470	0.36	-0.6
104,248	+	AMB_RS00470	0.36	-0.9
104,249	-	AMB_RS00470	0.36	-2.5
104,249	-	AMB_RS00470	0.36	+1.7
104,249	-	AMB_RS00470	0.36	-1.9
104,249	-	AMB_RS00470	0.36	+0.3
104,249	-	AMB_RS00470	0.36	-1.6
104,249	-	AMB_RS00470	0.36	-4.3
104,249	-	AMB_RS00470	0.36	-0.3
104,265	+	AMB_RS00470	0.38	-1.0
104,265	+	AMB_RS00470	0.38	-0.1
104,265	+	AMB_RS00470	0.38	-2.0
104,265	+	AMB_RS00470	0.38	-1.0
104,265	+	AMB_RS00470	0.38	-0.3
104,266	-	AMB_RS00470	0.38	-0.3
104,266	-	AMB_RS00470	0.38	-1.6
104,296	+	AMB_RS00470	0.41	-0.6
104,296	+	AMB_RS00470	0.41	+3.1
104,296	+	AMB_RS00470	0.41	+0.1
104,296	+	AMB_RS00470	0.41	-1.3
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-1.3
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-0.6
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-3.2
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-1.8
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-0.3
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-3.4
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-2.0
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	+0.1
104,297	-	AMB_RS00470	0.41	-2.0
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	-1.5
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	-0.3
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	-1.6
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	-2.0
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	+0.1
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	-1.1
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	-1.1
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	+0.1
104,353	+	AMB_RS00470	0.47	-0.0
104,354	-	AMB_RS00470	0.47	-1.9
104,354	-	AMB_RS00470	0.47	-1.5
104,354	-	AMB_RS00470	0.47	-0.1
104,354	-	AMB_RS00470	0.47	-2.6
104,354	-	AMB_RS00470	0.47	-1.1
104,355	+	AMB_RS00470	0.47	-4.2
104,355	+	AMB_RS00470	0.47	-2.1
104,355	+	AMB_RS00470	0.47	-0.4
104,355	+	AMB_RS00470	0.47	-2.3
104,355	+	AMB_RS00470	0.47	-2.0
104,356	-	AMB_RS00470	0.47	+0.1
104,356	-	AMB_RS00470	0.47	-3.8
104,500	-	AMB_RS00470	0.63	-0.6
104,574	+	AMB_RS00470	0.71	-0.6
104,574	+	AMB_RS00470	0.71	-1.4
104,575	-	AMB_RS00470	0.71	-1.2
104,575	-	AMB_RS00470	0.71	-2.6
104,671	+	AMB_RS00470	0.81	-2.6
104,671	+	AMB_RS00470	0.81	-0.6
104,671	+	AMB_RS00470	0.81	-0.9
104,671	+	AMB_RS00470	0.81	-1.2
104,672	-	AMB_RS00470	0.81	-0.9
104,672	-	AMB_RS00470	0.81	-1.5
104,672	-	AMB_RS00470	0.81	-3.6
104,672	-	AMB_RS00470	0.81	+0.7
104,682	-	AMB_RS00470	0.82	-3.1
104,689	-	AMB_RS00470	0.83	-0.6
104,808	+			-4.2
104,809	-			-1.3
104,870	+			+0.7
104,870	+			-3.4
104,870	+			-1.3
104,870	+			-1.5
104,871	-			-2.4
104,871	-			-1.8
104,871	-			-2.1
104,912	+			-1.6
104,913	-			-2.6
104,913	-			-1.8
104,913	-			-2.4
104,913	-			-1.5
104,913	-			-2.3
104,913	-			-1.5
104,916	-			-0.8
104,982	-			-4.8
104,982	-			+0.1
105,057	+	AMB_RS00475	0.14	-0.6
105,057	+	AMB_RS00475	0.14	-1.3
105,058	-	AMB_RS00475	0.14	-1.9
105,058	-	AMB_RS00475	0.14	-1.9
105,085	-	AMB_RS00475	0.15	-1.5
105,085	-	AMB_RS00475	0.15	-2.5
105,085	-	AMB_RS00475	0.15	-1.6
105,146	+	AMB_RS00475	0.20	-2.7
105,147	-	AMB_RS00475	0.20	-2.0
105,147	-	AMB_RS00475	0.20	-2.5
105,147	-	AMB_RS00475	0.20	-3.2
105,147	-	AMB_RS00475	0.20	+0.3
105,147	-	AMB_RS00475	0.20	-0.6
105,172	-	AMB_RS00475	0.21	-1.2
105,172	-	AMB_RS00475	0.21	-1.3
105,193	+	AMB_RS00475	0.23	+2.3
105,194	-	AMB_RS00475	0.23	-0.9
105,220	+	AMB_RS00475	0.25	-2.0
105,220	+	AMB_RS00475	0.25	-1.8
105,220	+	AMB_RS00475	0.25	-3.0
105,221	-	AMB_RS00475	0.25	-1.6
105,302	+	AMB_RS00475	0.30	-0.6
105,302	+	AMB_RS00475	0.30	-1.1
105,302	+	AMB_RS00475	0.30	-1.1
105,302	+	AMB_RS00475	0.30	+0.7
105,302	+	AMB_RS00475	0.30	-5.0
105,303	-	AMB_RS00475	0.30	-0.6
105,395	+	AMB_RS00475	0.36	-1.1
105,396	-	AMB_RS00475	0.36	-1.6
105,407	-	AMB_RS00475	0.37	-0.9
105,429	+	AMB_RS00475	0.39	+0.1
105,430	-	AMB_RS00475	0.39	-0.6
105,430	-	AMB_RS00475	0.39	-0.9
105,554	+	AMB_RS00475	0.47	-4.0
105,554	+	AMB_RS00475	0.47	-0.6
105,554	+	AMB_RS00475	0.47	-2.3
105,555	-	AMB_RS00475	0.47	-1.8
105,555	-	AMB_RS00475	0.47	-3.0
105,555	-	AMB_RS00475	0.47	-1.3
105,556	+	AMB_RS00475	0.47	-2.3
105,556	+	AMB_RS00475	0.47	-0.6
105,556	+	AMB_RS00475	0.47	-2.5
105,556	+	AMB_RS00475	0.47	-2.9
105,556	+	AMB_RS00475	0.47	-0.9
105,556	+	AMB_RS00475	0.47	-1.1
105,556	+	AMB_RS00475	0.47	-5.4
105,557	-	AMB_RS00475	0.47	-1.5
105,557	-	AMB_RS00475	0.47	-0.3
105,557	-	AMB_RS00475	0.47	+0.1
105,569	+	AMB_RS00475	0.48	+0.1
105,572	+	AMB_RS00475	0.48	-1.2
105,573	-	AMB_RS00475	0.48	-0.9
105,573	-	AMB_RS00475	0.48	-0.9
105,725	+	AMB_RS00475	0.58	-4.4
105,726	-	AMB_RS00475	0.59	-3.2
105,726	-	AMB_RS00475	0.59	+0.1
105,726	-	AMB_RS00475	0.59	-2.4
105,726	-	AMB_RS00475	0.59	-1.3
105,729	+	AMB_RS00475	0.59	-1.3
105,729	+	AMB_RS00475	0.59	-2.8
105,729	+	AMB_RS00475	0.59	-0.6
105,729	+	AMB_RS00475	0.59	-1.2
105,730	-	AMB_RS00475	0.59	-2.8
105,730	-	AMB_RS00475	0.59	-1.1
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-0.7
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	+1.7
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-1.6
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-1.6
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-0.9
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-2.5
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-2.0
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-0.3
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-0.8
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-4.4
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	+0.1
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	+0.9
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	+0.7
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-1.1
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-1.5
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	-1.6
105,731	+	AMB_RS00475	0.59	+0.7
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-0.6
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-0.3
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	+0.0
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	+0.7
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-1.6
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-0.6
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-2.0
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-0.9
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-0.6
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	+1.0
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	+0.1
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	+0.5
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-3.2
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-1.4
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-2.9
105,732	-	AMB_RS00475	0.59	-1.8
105,790	+	AMB_RS00475	0.63	-1.6
105,790	+	AMB_RS00475	0.63	-1.8
105,790	+	AMB_RS00475	0.63	-2.0
105,791	-	AMB_RS00475	0.63	-1.0
105,830	-	AMB_RS00475	0.66	-0.6
106,064	+	AMB_RS00475	0.81	-1.3
106,064	+	AMB_RS00475	0.81	-0.6
106,118	+	AMB_RS00475	0.85	-1.8
106,118	+	AMB_RS00475	0.85	-1.3
106,119	-	AMB_RS00475	0.85	-1.5
106,303	+			-1.5
106,303	+			-1.5
106,326	+			-2.1
106,346	+			-2.4
106,404	+			-0.6
106,405	-			+0.4
106,405	-			-0.1
106,405	-			-1.1
106,421	+			-0.3
106,422	-			-1.4
106,422	-			-2.9
106,422	-			-1.6
106,422	-			-1.1
106,422	-			+0.1
106,422	-			-2.3
106,430	+			+1.3
106,430	+			-1.5
106,431	-			-2.1
106,431	-			-0.5
106,510	+			-2.3
106,510	+			+0.8
106,511	-			+0.1
106,602	+	AMB_RS00480	0.22	-1.3
106,602	+	AMB_RS00480	0.22	+0.7
106,660	-	AMB_RS00480	0.30	-1.3
106,660	-	AMB_RS00480	0.30	+0.1
106,731	+	AMB_RS00480	0.39	+1.7
106,732	-	AMB_RS00480	0.39	-2.0
106,732	-	AMB_RS00480	0.39	-0.9
106,732	-	AMB_RS00480	0.39	-1.5
106,891	-	AMB_RS00480	0.61	-3.4
106,902	-	AMB_RS00480	0.62	-4.3
106,902	-	AMB_RS00480	0.62	-1.0
106,954	-	AMB_RS00480	0.69	-1.6
106,983	-	AMB_RS00480	0.73	+0.1
107,017	+	AMB_RS00480	0.77	+0.9
107,086	+	AMB_RS00480	0.87	-1.4
107,086	+	AMB_RS00480	0.87	+0.3
107,087	-	AMB_RS00480	0.87	-0.4
107,143	-			-1.1
107,165	-			+0.7
107,304	+			-0.9
107,304	+			-0.3
107,304	+			-0.8
107,305	-			+0.7
107,305	-			+0.1
107,305	-			-1.4
107,305	-			-2.4
107,309	+			-0.9
107,309	+			-0.1
107,309	+			-1.0
107,309	+			-0.4
107,309	+			-1.0
107,309	+			-3.9
107,309	+			-0.6
107,310	-			+0.7
107,310	-			-1.1

Or see this region's nucleotide sequence