Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS14930

Experiment: 30_an_nonmag_1

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_an_nonmag_1
3,187,459	+		AMB_RS14925	0.59	-1.2
3,187,459	+		AMB_RS14925	0.59	+0.6
3,187,459	+		AMB_RS14925	0.59	-0.1
3,187,460	-		AMB_RS14925	0.59	+1.6
3,187,460	-		AMB_RS14925	0.59	-0.4
3,187,984	+		AMB_RS14925	0.81	+1.2
3,187,984	+		AMB_RS14925	0.81	-0.3
3,187,985	-		AMB_RS14925	0.81	-2.4
3,187,985	-		AMB_RS14925	0.81	-3.5
3,187,985	-		AMB_RS14925	0.81	+0.5
3,187,985	-		AMB_RS14925	0.81	-0.4
3,188,163	+		AMB_RS14925	0.88	-4.0
3,188,269	+				-1.0
3,188,490	+				-1.6
3,188,490	+				-0.2
3,188,565	+				-4.7
3,188,565	+				+0.7
3,188,565	+				-0.3
3,188,566	-				+0.0
3,188,566	-				-1.0
3,188,589	+				-0.3
3,188,595	+				-1.0
3,188,595	+				-0.0
3,188,596	-				-1.0
3,188,625	+				+1.0
3,188,625	+				-2.4
3,188,625	+				-0.4
3,188,626	-				-1.2
3,188,626	-				-1.4
3,188,626	-				-0.3
3,188,735	-				-0.0
3,188,934	+				-0.4
3,188,934	+				+0.1
3,188,934	+				+0.6
3,188,934	+				-1.2
3,188,934	+				-2.0
3,188,934	+				+0.5
3,188,935	-				+0.2
3,188,935	-				-0.3
3,188,935	-				-0.8
3,188,935	-				-0.1
3,188,935	-				-0.5
3,188,935	-				-0.2
3,188,935	-				-0.4
3,188,935	-				-1.0
3,189,468	+		AMB_RS14930	0.18	+0.6
3,189,498	+		AMB_RS14930	0.18	+0.2
3,189,498	+		AMB_RS14930	0.18	-2.1
3,189,498	+		AMB_RS14930	0.18	-1.8
3,189,498	+		AMB_RS14930	0.18	+0.2
3,189,499	-		AMB_RS14930	0.18	-2.3
3,189,499	-		AMB_RS14930	0.18	+0.6
3,189,499	-		AMB_RS14930	0.18	-2.3
3,189,709	-		AMB_RS14930	0.22	+0.1
3,189,729	+		AMB_RS14930	0.22	-1.0
3,189,916	-		AMB_RS14930	0.26	-2.7
3,189,916	-		AMB_RS14930	0.26	+0.3
3,190,048	+		AMB_RS14930	0.28	-1.4
3,190,049	-		AMB_RS14930	0.28	+0.6
3,190,049	-		AMB_RS14930	0.28	-1.8
3,190,049	-		AMB_RS14930	0.28	-1.1
3,190,049	-		AMB_RS14930	0.28	+0.5
3,190,049	-		AMB_RS14930	0.28	-1.3
3,190,049	-		AMB_RS14930	0.28	+0.7
3,190,527	+		AMB_RS14930	0.36	+0.6
3,190,527	+		AMB_RS14930	0.36	-0.8
3,191,007	+		AMB_RS14930	0.44	+0.3
3,191,007	+		AMB_RS14930	0.44	+1.2
3,191,008	-		AMB_RS14930	0.44	-0.3
3,191,008	-		AMB_RS14930	0.44	-0.4
3,191,008	-		AMB_RS14930	0.44	-0.8
3,191,008	-		AMB_RS14930	0.44	-1.8
3,191,008	-		AMB_RS14930	0.44	+0.3
3,191,008	-		AMB_RS14930	0.44	-0.0
3,191,067	+		AMB_RS14930	0.45	-1.6
3,191,163	+		AMB_RS14930	0.47	-0.4
3,191,163	+		AMB_RS14930	0.47	+0.7
3,191,164	-		AMB_RS14930	0.47	+0.9
3,191,164	-		AMB_RS14930	0.47	+0.4
3,191,164	-		AMB_RS14930	0.47	+1.0
3,191,304	+		AMB_RS14930	0.50	-0.9
3,191,304	+		AMB_RS14930	0.50	+1.6
3,191,304	+		AMB_RS14930	0.50	-1.4
3,191,305	-		AMB_RS14930	0.50	-1.8
3,191,305	-		AMB_RS14930	0.50	+0.8
3,191,305	-		AMB_RS14930	0.50	-0.1
3,191,305	-		AMB_RS14930	0.50	-0.6
3,191,305	-		AMB_RS14930	0.50	-0.8
3,191,305	-		AMB_RS14930	0.50	-1.0
3,191,305	-		AMB_RS14930	0.50	-3.1
3,191,403	+		AMB_RS14930	0.51	-1.8
3,191,403	+		AMB_RS14930	0.51	-1.4
3,191,403	+		AMB_RS14930	0.51	-3.6
3,191,403	+		AMB_RS14930	0.51	-1.0
3,191,404	-		AMB_RS14930	0.51	+0.5
3,191,404	-		AMB_RS14930	0.51	-0.4
3,191,404	-		AMB_RS14930	0.51	-0.7
3,191,404	-		AMB_RS14930	0.51	-1.0
3,191,404	-		AMB_RS14930	0.51	-0.7
3,191,404	-		AMB_RS14930	0.51	-0.6
3,191,661	+		AMB_RS14930	0.56	-0.0
3,191,662	-		AMB_RS14930	0.56	+2.6
3,191,662	-		AMB_RS14930	0.56	-2.3
3,191,895	+		AMB_RS14930	0.60	-1.6
3,191,895	+		AMB_RS14930	0.60	-0.9
3,191,895	+		AMB_RS14930	0.60	-0.8
3,191,895	+		AMB_RS14930	0.60	-3.7
3,191,895	+		AMB_RS14930	0.60	-1.2
3,191,896	-		AMB_RS14930	0.60	+1.4
3,191,896	-		AMB_RS14930	0.60	-0.3
3,191,896	-		AMB_RS14930	0.60	-2.4
3,192,099	+		AMB_RS14930	0.63	-0.0
3,192,099	+		AMB_RS14930	0.63	+1.4
3,192,117	+		AMB_RS14930	0.64	-0.1
3,192,117	+		AMB_RS14930	0.64	-1.2
3,192,117	+		AMB_RS14930	0.64	-1.2
3,192,117	+		AMB_RS14930	0.64	-1.2
3,192,118	-		AMB_RS14930	0.64	-1.3
3,192,157	-		AMB_RS14930	0.64	-1.7
3,192,157	-		AMB_RS14930	0.64	+0.8
3,192,190	-		AMB_RS14930	0.65	-1.6
3,192,279	+		AMB_RS14930	0.66	-1.8
3,192,279	+		AMB_RS14930	0.66	-3.9
3,192,280	-		AMB_RS14930	0.66	-0.0
3,192,280	-		AMB_RS14930	0.66	-2.5
3,192,280	-		AMB_RS14930	0.66	+0.9
3,192,313	-		AMB_RS14930	0.67	-0.2
3,192,405	+		AMB_RS14930	0.69	-0.8
3,192,405	+		AMB_RS14930	0.69	+0.6
3,192,406	-		AMB_RS14930	0.69	+1.7
3,192,406	-		AMB_RS14930	0.69	-0.2
3,192,408	+		AMB_RS14930	0.69	+0.6
3,192,408	+		AMB_RS14930	0.69	-0.0
3,192,409	-		AMB_RS14930	0.69	-1.2
3,192,409	-		AMB_RS14930	0.69	-2.6
3,192,409	-		AMB_RS14930	0.69	-0.5
3,192,438	+		AMB_RS14930	0.69	-0.3
3,192,439	-		AMB_RS14930	0.69	-1.0
3,192,771	+		AMB_RS14930	0.75	-1.2
3,192,772	-		AMB_RS14930	0.75	-1.7
3,192,772	-		AMB_RS14930	0.75	-2.1
3,192,869	+		AMB_RS14930	0.77	+0.1
3,192,870	-		AMB_RS14930	0.77	-1.9
3,192,870	-		AMB_RS14930	0.77	+1.0
3,192,870	-		AMB_RS14930	0.77	+0.1
3,192,907	+		AMB_RS14930	0.77	-0.0
3,192,907	+		AMB_RS14930	0.77	-1.0
3,192,939	+		AMB_RS14930	0.78	-0.8
3,192,939	+		AMB_RS14930	0.78	-3.6
3,192,939	+		AMB_RS14930	0.78	+2.2
3,192,940	-		AMB_RS14930	0.78	+0.1
3,192,940	-		AMB_RS14930	0.78	-0.8
3,192,940	-		AMB_RS14930	0.78	-3.4
3,192,940	-		AMB_RS14930	0.78	+1.3
3,192,940	-		AMB_RS14930	0.78	-0.4
3,192,940	-		AMB_RS14930	0.78	-0.2
3,192,944	-		AMB_RS14930	0.78	-1.0
3,192,944	-		AMB_RS14930	0.78	+0.9
3,192,944	-		AMB_RS14930	0.78	-0.1
3,193,260	+		AMB_RS14930	0.83	-0.8
3,193,261	-		AMB_RS14930	0.83	-0.1
3,193,261	-		AMB_RS14930	0.83	-3.1
3,193,455	+		AMB_RS14930	0.87	-0.8
3,193,455	+		AMB_RS14930	0.87	+0.6
3,193,455	+		AMB_RS14930	0.87	+0.6
3,193,455	+		AMB_RS14930	0.87	-0.7
3,193,455	+		AMB_RS14930	0.87	+0.1
3,193,588	+		AMB_RS14930	0.89	-1.2
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	-0.6
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	-0.0
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	-0.4
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	+0.2
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	-0.9
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	+0.2
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	-1.2
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	-0.4
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	+0.8
3,193,641	+		AMB_RS14930	0.90	-1.8
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-5.5
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-3.0
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-0.1
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-0.4
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-0.7
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-0.3
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	+2.1
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	+1.6
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-1.0
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-1.6
3,193,642	-		AMB_RS14930	0.90	-1.9
3,194,095	+				-0.5
3,194,096	-				-1.6
3,194,147	-				-0.8
3,194,147	-				+0.1
3,194,268	-				-0.1
3,194,268	-				-2.4
3,194,378	+				-0.2
3,194,378	+				-0.1
3,195,164	+		AMB_RS14935	0.25	-2.0
3,195,164	+		AMB_RS14935	0.25	-0.2
3,195,164	+		AMB_RS14935	0.25	-0.6
3,195,165	-		AMB_RS14935	0.25	-3.4
3,195,165	-		AMB_RS14935	0.25	+0.1
3,195,165	-		AMB_RS14935	0.25	-2.1
3,195,165	-		AMB_RS14935	0.25	-4.3