Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS23535

Experiment: 30_an_initial_2

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_an_initial_2
3,613,001	-		AMB_RS16825	0.40	-0.5
3,613,007	+		AMB_RS16825	0.41	+0.2
3,613,008	-		AMB_RS16825	0.41	+0.0
3,613,064	+		AMB_RS16825	0.44	-0.2
3,613,064	+		AMB_RS16825	0.44	-1.3
3,613,065	-		AMB_RS16825	0.44	-0.2
3,613,065	-		AMB_RS16825	0.44	+0.7
3,613,107	-		AMB_RS16825	0.47	-1.9
3,613,107	-		AMB_RS16825	0.47	+0.1
3,613,136	+		AMB_RS16825	0.49	-1.7
3,613,137	-		AMB_RS16825	0.49	-0.0
3,613,137	-		AMB_RS16825	0.49	-0.5
3,613,147	+		AMB_RS16825	0.50	-1.3
3,613,191	+		AMB_RS16825	0.53	+0.2
3,613,192	-		AMB_RS16825	0.53	+0.7
3,613,274	+		AMB_RS16825	0.58	+0.5
3,613,275	-		AMB_RS16825	0.59	-2.0
3,613,277	-		AMB_RS16825	0.59	+0.8
3,613,301	+		AMB_RS16825	0.60	-1.1
3,613,301	+		AMB_RS16825	0.60	+0.1
3,613,320	+		AMB_RS16825	0.62	-1.1
3,613,320	+		AMB_RS16825	0.62	-0.8
3,613,326	+		AMB_RS16825	0.62	+0.1
3,613,327	-		AMB_RS16825	0.62	-0.2
3,613,330	+		AMB_RS16825	0.62	-2.4
3,613,448	+		AMB_RS16825	0.70	-0.5
3,613,448	+		AMB_RS16825	0.70	-0.3
3,613,448	+		AMB_RS16825	0.70	+0.5
3,613,448	+		AMB_RS16825	0.70	+0.1
3,613,448	+		AMB_RS16825	0.70	-1.8
3,613,448	+		AMB_RS16825	0.70	-0.1
3,613,448	+		AMB_RS16825	0.70	+0.1
3,613,449	-		AMB_RS16825	0.70	-3.8
3,613,494	+		AMB_RS16825	0.73	-0.5
3,613,551	+		AMB_RS16825	0.77	-0.8
3,613,552	-		AMB_RS16825	0.77	+0.5
3,613,625	+		AMB_RS16825	0.82	-1.5
3,613,626	-		AMB_RS16825	0.82	-0.1
3,613,713	+		AMB_RS16825	0.88	-0.1
3,613,719	+		AMB_RS16825	0.88	-1.0
3,613,739	+		AMB_RS16825	0.90	-1.3
3,613,860	+				+0.9
3,613,860	+				-1.3
3,613,861	-				-0.4
3,613,863	+				-0.8
3,613,984	+				+0.3
3,613,985	-				+1.1
3,613,985	-				+0.3
3,613,985	-				-0.2
3,614,025	+				+1.5
3,614,026	-				-0.4
3,614,026	-				-0.0
3,614,070	+				-0.2
3,614,071	-				-0.8
3,614,084	+				-2.2
3,614,085	-				+1.5
3,614,085	-				-1.1
3,614,124	+				-1.3
3,614,159	+				-1.1
3,614,159	+				+0.2
3,614,160	-				-1.1
3,614,171	+				-0.8
3,614,188	+				-0.5
3,614,281	-				-0.3
3,614,307	-				-0.5
3,614,316	-				-0.8
3,614,316	-				-0.0
3,614,346	-				-0.3
3,614,362	-		AMB_RS23535	0.10	+0.0
3,614,362	-		AMB_RS23535	0.10	+0.2
3,614,362	-		AMB_RS23535	0.10	+0.5
3,614,367	-		AMB_RS23535	0.10	+0.1
3,614,418	-		AMB_RS23535	0.12	-0.1
3,614,429	+		AMB_RS23535	0.12	-0.2
3,614,430	-		AMB_RS23535	0.12	-0.8
3,614,449	+		AMB_RS23535	0.12	-0.5
3,614,449	+		AMB_RS23535	0.12	+0.3
3,614,450	-		AMB_RS23535	0.12	-0.5
3,614,450	-		AMB_RS23535	0.12	+0.1
3,614,454	+		AMB_RS23535	0.12	+0.4
3,614,455	-		AMB_RS23535	0.12	-2.4
3,614,455	-		AMB_RS23535	0.12	-0.8
3,614,455	-		AMB_RS23535	0.12	-0.6
3,614,475	-		AMB_RS23535	0.13	-0.1
3,614,475	-		AMB_RS23535	0.13	-0.1
3,614,528	+		AMB_RS23535	0.14	+0.2
3,614,529	-		AMB_RS23535	0.14	-2.3
3,614,529	-		AMB_RS23535	0.14	-0.5
3,614,544	+		AMB_RS23535	0.14	-0.6
3,614,545	-		AMB_RS23535	0.14	-0.1
3,614,545	-		AMB_RS23535	0.14	+0.5
3,614,545	-		AMB_RS23535	0.14	-1.3
3,614,545	-		AMB_RS23535	0.14	-2.3
3,614,545	-		AMB_RS23535	0.14	+0.3
3,614,545	-		AMB_RS23535	0.14	-1.1
3,614,612	+		AMB_RS23535	0.16	-0.3
3,614,612	+		AMB_RS23535	0.16	-0.0
3,614,612	+		AMB_RS23535	0.16	-0.1
3,614,613	-		AMB_RS23535	0.16	-0.4
3,614,613	-		AMB_RS23535	0.16	-0.6
3,614,613	-		AMB_RS23535	0.16	-0.1
3,614,616	+		AMB_RS23535	0.16	-0.2
3,614,617	-		AMB_RS23535	0.16	-0.5
3,614,732	-		AMB_RS23535	0.18	-0.7
3,614,761	+		AMB_RS23535	0.19	-0.4
3,614,761	+		AMB_RS23535	0.19	+0.6
3,614,761	+		AMB_RS23535	0.19	-2.0
3,614,761	+		AMB_RS23535	0.19	-1.5
3,614,762	-		AMB_RS23535	0.19	+0.2
3,614,762	-		AMB_RS23535	0.19	-0.8
3,614,762	-		AMB_RS23535	0.19	+0.8
3,614,799	-		AMB_RS23535	0.20	-0.5
3,615,257	+		AMB_RS23535	0.30	+0.4
3,615,265	+		AMB_RS23535	0.30	-2.2
3,615,303	+		AMB_RS23535	0.31	-0.9
3,615,403	+		AMB_RS23535	0.33	-0.2
3,615,470	+		AMB_RS23535	0.35	-0.8
3,615,470	+		AMB_RS23535	0.35	+0.5
3,615,470	+		AMB_RS23535	0.35	-0.2
3,615,470	+		AMB_RS23535	0.35	-0.1
3,615,471	-		AMB_RS23535	0.35	-1.3
3,615,512	+		AMB_RS23535	0.36	-0.8
3,615,512	+		AMB_RS23535	0.36	-0.9
3,615,512	+		AMB_RS23535	0.36	-0.8
3,615,512	+		AMB_RS23535	0.36	+0.1
3,615,513	-		AMB_RS23535	0.36	-2.3
3,615,513	-		AMB_RS23535	0.36	-0.1
3,615,533	+		AMB_RS23535	0.36	-1.1
3,615,533	+		AMB_RS23535	0.36	-0.5
3,615,534	-		AMB_RS23535	0.36	+0.2
3,615,768	+		AMB_RS23535	0.41	+0.3
3,615,844	-		AMB_RS23535	0.43	+0.7
3,615,861	-		AMB_RS23535	0.43	-0.2
3,615,991	-		AMB_RS23535	0.46	+1.5
3,615,999	+		AMB_RS23535	0.46	-1.7
3,615,999	+		AMB_RS23535	0.46	-0.5
3,616,107	+		AMB_RS23535	0.49	-2.2
3,616,128	-		AMB_RS23535	0.49	-0.4
3,616,128	-		AMB_RS23535	0.49	-1.5
3,616,152	+		AMB_RS23535	0.50	-0.3
3,616,153	-		AMB_RS23535	0.50	-0.5
3,616,153	-		AMB_RS23535	0.50	-0.7
3,616,167	+		AMB_RS23535	0.50	-0.4
3,616,167	+		AMB_RS23535	0.50	-0.2
3,616,167	+		AMB_RS23535	0.50	-1.7
3,616,168	-		AMB_RS23535	0.50	-0.1
3,616,168	-		AMB_RS23535	0.50	-0.2
3,616,169	+		AMB_RS23535	0.50	-0.0
3,616,170	-		AMB_RS23535	0.50	-1.1
3,616,201	+		AMB_RS23535	0.51	-0.5
3,616,782	+		AMB_RS23535	0.64	-0.4
3,616,782	+		AMB_RS23535	0.64	-0.9
3,616,829	+		AMB_RS23535	0.65	-0.8
3,616,974	+		AMB_RS23535	0.68	+0.5
3,616,974	+		AMB_RS23535	0.68	+0.9
3,616,974	+		AMB_RS23535	0.68	+0.2
3,616,974	+		AMB_RS23535	0.68	-0.5
3,616,974	+		AMB_RS23535	0.68	-1.5
3,616,975	-		AMB_RS23535	0.68	+0.5
3,616,975	-		AMB_RS23535	0.68	-2.1
3,617,001	-		AMB_RS23535	0.68	+0.2
3,617,006	+		AMB_RS23535	0.69	+0.3
3,617,007	-		AMB_RS23535	0.69	+0.3
3,617,007	-		AMB_RS23535	0.69	-0.8
3,617,007	-		AMB_RS23535	0.69	+0.7
3,617,176	+		AMB_RS23535	0.72	+0.1
3,617,176	+		AMB_RS23535	0.72	+0.0
3,617,358	-		AMB_RS23535	0.76	+1.5
3,617,363	+		AMB_RS23535	0.76	-0.5
3,617,364	-		AMB_RS23535	0.77	-1.3
3,617,477	-		AMB_RS23535	0.79	+0.5
3,617,674	+		AMB_RS23535	0.83	+0.5
3,617,674	+		AMB_RS23535	0.83	+0.2
3,617,674	+		AMB_RS23535	0.83	+0.1
3,617,675	-		AMB_RS23535	0.83	-2.4
3,617,675	-		AMB_RS23535	0.83	-0.4
3,617,700	-		AMB_RS23535	0.84	+0.4
3,617,700	-		AMB_RS23535	0.84	-0.3
3,617,719	-		AMB_RS23535	0.84	-0.0
3,617,719	-		AMB_RS23535	0.84	+0.2
3,617,746	+		AMB_RS23535	0.85	-1.3
3,617,747	-		AMB_RS23535	0.85	-2.1
3,617,747	-		AMB_RS23535	0.85	+1.5
3,617,799	+		AMB_RS23535	0.86	-0.9
3,617,800	-		AMB_RS23535	0.86	+0.0
3,617,800	-		AMB_RS23535	0.86	-2.2
3,617,896	-		AMB_RS23535	0.88	-0.5
3,617,900	+		AMB_RS23535	0.88	+0.1
3,617,900	+		AMB_RS23535	0.88	-1.7
3,617,900	+		AMB_RS23535	0.88	-1.5
3,617,900	+		AMB_RS23535	0.88	+0.1
3,617,900	+		AMB_RS23535	0.88	-0.1
3,617,900	+		AMB_RS23535	0.88	-2.0
3,617,947	+		AMB_RS23535	0.89	-0.3
3,617,947	+		AMB_RS23535	0.89	+0.1
3,617,947	+		AMB_RS23535	0.89	-1.1
3,617,948	-		AMB_RS23535	0.89	+0.6
3,617,948	-		AMB_RS23535	0.89	-2.5
3,617,948	-		AMB_RS23535	0.89	-0.1
3,617,948	-		AMB_RS23535	0.89	-0.5
3,617,948	-		AMB_RS23535	0.89	-0.5
3,617,948	-		AMB_RS23535	0.89	-3.1
3,617,948	-		AMB_RS23535	0.89	-2.1
3,617,978	+				-1.7
3,617,978	+				-2.0
3,617,979	-				+0.3
3,617,979	-				-1.8
3,617,979	-				-1.1
3,618,045	+				+0.8
3,618,093	+				-1.0
3,618,093	+				+0.5
3,618,094	-				-0.1
3,618,096	-				-1.7
3,618,189	-				-0.0
3,618,189	-				-0.3
3,618,190	+				-3.2
3,618,190	+				-1.1
3,618,191	-				-1.8
3,618,191	-				-2.1
3,618,192	+				-0.1
3,618,193	-				-0.2
3,618,193	-				+0.4
3,618,313	+				-1.1
3,618,313	+				-0.1
3,618,313	+				-0.5
3,618,313	+				-1.7
3,618,314	-				-0.0
3,618,314	-				-0.4
3,618,346	-				-1.1
3,618,356	+				-0.1
3,618,591	+				-0.0
3,618,767	+				-0.3
3,618,768	-				-1.2
3,618,777	+				-0.5
3,618,803	+				-0.3
3,618,803	+				-0.1
3,618,803	+				+0.2
3,618,803	+				-0.9
3,618,803	+				+0.9
3,618,803	+				-0.1
3,618,804	-				-0.5
3,618,804	-				-1.1
3,618,804	-				-2.2
3,618,804	-				-0.1
3,618,821	+				+0.5
3,618,821	+				-0.8
3,618,882	+				-0.5
3,618,993	+		AMB_RS16835	0.24	-0.1
3,618,993	+		AMB_RS16835	0.24	-0.3
3,618,993	+		AMB_RS16835	0.24	-0.3
3,618,994	-		AMB_RS16835	0.25	-0.5
3,618,994	-		AMB_RS16835	0.25	-1.8
3,619,245	-		AMB_RS16835	0.79	+1.1
3,619,261	-		AMB_RS16835	0.83	-1.3
3,619,261	-		AMB_RS16835	0.83	-0.8
3,619,284	-		AMB_RS16835	0.88	-1.7
3,619,398	-				+0.1