Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS18520

Experiment: 30_an_initial_2

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_an_initial_2
4,021,860	-				-0.2
4,021,961	+				-0.4
4,022,061	+				+0.6
4,022,061	+				-0.4
4,022,061	+				-0.8
4,022,062	-				-1.9
4,022,062	-				-2.3
4,022,103	+		AMB_RS18510	0.25	-0.8
4,022,103	+		AMB_RS18510	0.25	-1.0
4,022,103	+		AMB_RS18510	0.25	-0.1
4,022,236	+		AMB_RS18510	0.89	+0.1
4,022,236	+		AMB_RS18510	0.89	+0.6
4,022,236	+		AMB_RS18510	0.89	+0.7
4,022,236	+		AMB_RS18510	0.89	+0.6
4,022,237	-		AMB_RS18510	0.89	+1.4
4,022,237	-		AMB_RS18510	0.89	-0.3
4,022,237	-		AMB_RS18510	0.89	-1.6
4,022,237	-		AMB_RS18510	0.89	+0.5
4,022,237	-		AMB_RS18510	0.89	-1.3
4,022,318	+		AMB_RS18515	0.29	-0.5
4,022,318	+		AMB_RS18515	0.29	+0.3
4,022,319	-		AMB_RS18515	0.29	-1.3
4,022,319	-		AMB_RS18515	0.29	-1.8
4,022,319	-		AMB_RS18515	0.29	+0.0
4,022,322	+		AMB_RS18515	0.30	+0.5
4,022,322	+		AMB_RS18515	0.30	-0.8
4,022,322	+		AMB_RS18515	0.30	-0.2
4,022,322	+		AMB_RS18515	0.30	+0.0
4,022,322	+		AMB_RS18515	0.30	-0.8
4,022,322	+		AMB_RS18515	0.30	-0.7
4,022,322	+		AMB_RS18515	0.30	+0.5
4,022,323	-		AMB_RS18515	0.31	-0.8
4,022,323	-		AMB_RS18515	0.31	-0.8
4,022,323	-		AMB_RS18515	0.31	+0.2
4,022,458	+		AMB_RS18515	0.80	-1.5
4,022,459	-		AMB_RS18515	0.80	-1.3
4,022,459	-		AMB_RS18515	0.80	+0.4
4,022,503	+				+0.5
4,022,504	-				+0.4
4,022,512	-				+0.0
4,022,512	-				+0.4
4,022,512	-				-0.5
4,022,512	-				+0.0
4,022,536	+				+0.4
4,022,669	+				-0.2
4,022,669	+				-1.5
4,022,670	-				-0.0
4,022,766	+				-0.0
4,022,766	+				+0.7
4,022,766	+				-0.5
4,022,766	+				-0.2
4,022,766	+				-1.3
4,022,767	-				-1.0
4,022,767	-				-0.8
4,022,829	+				-1.3
4,022,829	+				-1.0
4,022,829	+				+0.7
4,022,830	-				+1.4
4,022,875	-		AMB_RS18520	0.13	+0.4
4,022,927	+		AMB_RS18520	0.16	+1.6
4,022,927	+		AMB_RS18520	0.16	-0.0
4,022,928	-		AMB_RS18520	0.16	-2.5
4,022,985	-		AMB_RS18520	0.20	-2.4
4,023,234	+		AMB_RS18520	0.37	+0.3
4,023,234	+		AMB_RS18520	0.37	-3.4
4,023,234	+		AMB_RS18520	0.37	-0.2
4,023,234	+		AMB_RS18520	0.37	-0.3
4,023,235	-		AMB_RS18520	0.37	-0.8
4,023,235	-		AMB_RS18520	0.37	-0.2
4,023,266	+		AMB_RS18520	0.39	-0.6
4,023,266	+		AMB_RS18520	0.39	+0.6
4,023,266	+		AMB_RS18520	0.39	-0.0
4,023,267	-		AMB_RS18520	0.39	+0.6
4,023,267	-		AMB_RS18520	0.39	-0.2
4,023,267	-		AMB_RS18520	0.39	-1.0
4,023,267	-		AMB_RS18520	0.39	-3.5
4,023,455	+		AMB_RS18520	0.51	+0.0
4,023,455	+		AMB_RS18520	0.51	+0.9
4,023,455	+		AMB_RS18520	0.51	+0.8
4,023,455	+		AMB_RS18520	0.51	-2.5
4,023,455	+		AMB_RS18520	0.51	-0.1
4,023,455	+		AMB_RS18520	0.51	-0.0
4,023,455	+		AMB_RS18520	0.51	-0.3
4,023,456	-		AMB_RS18520	0.51	-1.8
4,023,456	-		AMB_RS18520	0.51	-0.0
4,023,456	-		AMB_RS18520	0.51	-1.0
4,023,456	-		AMB_RS18520	0.51	+0.8
4,023,474	-		AMB_RS18520	0.52	-0.4
4,023,544	+		AMB_RS18520	0.57	-1.4
4,023,544	+		AMB_RS18520	0.57	-0.0
4,023,698	+		AMB_RS18520	0.67	+0.6
4,023,699	-		AMB_RS18520	0.67	-0.7
4,023,824	+		AMB_RS18520	0.76	-0.1
4,023,824	+		AMB_RS18520	0.76	-1.3
4,023,824	+		AMB_RS18520	0.76	+0.2
4,023,824	+		AMB_RS18520	0.76	-0.0
4,023,824	+		AMB_RS18520	0.76	+0.8
4,023,824	+		AMB_RS18520	0.76	-1.4
4,023,825	-		AMB_RS18520	0.76	-0.0
4,023,865	-		AMB_RS18520	0.78	+0.4
4,023,866	+		AMB_RS18520	0.78	-0.0
4,023,866	+		AMB_RS18520	0.78	-0.4
4,023,867	-		AMB_RS18520	0.78	+0.0
4,023,867	-		AMB_RS18520	0.78	+0.2
4,023,867	-		AMB_RS18520	0.78	-0.3
4,023,890	+		AMB_RS18520	0.80	+1.6
4,023,890	+		AMB_RS18520	0.80	-1.4
4,023,891	-		AMB_RS18520	0.80	-1.0
4,023,891	-		AMB_RS18520	0.80	+0.1
4,023,891	-		AMB_RS18520	0.80	-0.1
4,023,891	-		AMB_RS18520	0.80	-1.3
4,023,891	-		AMB_RS18520	0.80	-1.4
4,023,911	+		AMB_RS18520	0.81	-2.7
4,023,912	-		AMB_RS18520	0.81	+0.2
4,023,979	+		AMB_RS18520	0.86	-0.1
4,023,979	+		AMB_RS18520	0.86	-1.4
4,023,979	+		AMB_RS18520	0.86	-0.0
4,023,979	+		AMB_RS18520	0.86	-1.4
4,023,980	-		AMB_RS18520	0.86	-2.5
4,023,980	-		AMB_RS18520	0.86	-0.2
4,023,980	-		AMB_RS18520	0.86	-0.4
4,023,980	-		AMB_RS18520	0.86	-0.3
4,023,980	-		AMB_RS18520	0.86	+0.3
4,023,980	-		AMB_RS18520	0.86	-1.8
4,024,180	+				-2.4
4,024,181	-				+0.6
4,024,213	+				-0.0
4,024,245	+		AMB_RS18525	0.13	-0.0
4,024,245	+		AMB_RS18525	0.13	+0.5
4,024,245	+		AMB_RS18525	0.13	-1.3
4,024,245	+		AMB_RS18525	0.13	-1.4
4,024,321	+		AMB_RS18525	0.42	+0.3
4,024,322	-		AMB_RS18525	0.43	-1.3
4,024,322	-		AMB_RS18525	0.43	-0.3
4,024,322	-		AMB_RS18525	0.43	+0.2
4,024,322	-		AMB_RS18525	0.43	+0.7
4,024,322	-		AMB_RS18525	0.43	-1.8
4,024,322	-		AMB_RS18525	0.43	-1.4
4,024,322	-		AMB_RS18525	0.43	+0.1
4,024,355	+		AMB_RS18525	0.55	+0.6
4,024,356	-		AMB_RS18525	0.56	-1.0
4,024,356	-		AMB_RS18525	0.56	+0.0
4,024,356	-		AMB_RS18525	0.56	-0.0
4,024,356	-		AMB_RS18525	0.56	-1.6
4,024,430	+		AMB_RS18525	0.84	-0.6
4,024,488	+				+0.5
4,024,488	+				+0.1
4,024,488	+				+0.1
4,024,488	+				-3.9
4,024,489	-				-2.8
4,024,489	-				+1.6
4,024,489	-				-0.0
4,024,489	-				-1.4
4,024,523	+				+0.1
4,024,585	+		AMB_RS18530	0.23	-0.2
4,024,586	-		AMB_RS18530	0.23	-0.3
4,024,586	-		AMB_RS18530	0.23	-0.7
4,024,737	+		AMB_RS18530	0.58	-0.4
4,024,738	-		AMB_RS18530	0.59	-2.1
4,024,738	-		AMB_RS18530	0.59	-1.9
4,024,738	-		AMB_RS18530	0.59	-1.6
4,024,804	+		AMB_RS18530	0.74	-0.0
4,024,804	+		AMB_RS18530	0.74	+0.3
4,024,804	+		AMB_RS18530	0.74	-0.5
4,024,804	+		AMB_RS18530	0.74	-0.0
4,024,804	+		AMB_RS18530	0.74	+0.3
4,024,805	-		AMB_RS18530	0.74	-0.5
4,024,805	-		AMB_RS18530	0.74	-1.4
4,024,805	-		AMB_RS18530	0.74	-1.3
4,024,805	-		AMB_RS18530	0.74	-2.0
4,024,805	-		AMB_RS18530	0.74	-0.7
4,025,021	+				-0.1
4,025,021	+				-0.2
4,025,022	-				+1.6
4,025,022	-				-0.4
4,025,057	+				-0.3
4,025,057	+				-0.8
4,025,057	+				-0.2
4,025,129	+		AMB_RS23590	0.19	-0.0
4,025,130	-		AMB_RS23590	0.20	-2.1
4,025,130	-		AMB_RS23590	0.20	-0.2
4,025,130	-		AMB_RS23590	0.20	-1.2
4,025,146	+		AMB_RS23590	0.23	-0.4
4,025,146	+		AMB_RS23590	0.23	-0.0
4,025,148	+		AMB_RS23590	0.23	+0.4
4,025,148	+		AMB_RS23590	0.23	-1.9
4,025,148	+		AMB_RS23590	0.23	-0.1
4,025,148	+		AMB_RS23590	0.23	-0.8
4,025,148	+		AMB_RS23590	0.23	-0.8
4,025,148	+		AMB_RS23590	0.23	-2.1
4,025,148	+		AMB_RS23590	0.23	-0.4
4,025,149	-		AMB_RS23590	0.23	-1.4
4,025,149	-		AMB_RS23590	0.23	-1.9
4,025,149	-		AMB_RS23590	0.23	-0.1
4,025,149	-		AMB_RS23590	0.23	-1.3
4,025,149	-		AMB_RS23590	0.23	-2.1