Strain Fitness in Sphingobium sp. HT1-2 around GFF5238

Experiment: EMM_noCarbon with Sucrose and Ammonium Sulfate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	EMM_noCarbon with Sucrose and Ammonium Sulfate
5,231,149	-		GFF5237	0.19	-0.6
5,231,150	+		GFF5237	0.19	+0.2
5,231,158	+		GFF5237	0.20	+0.3
5,231,158	+		GFF5237	0.20	+1.9
5,231,158	-		GFF5237	0.20	+0.5
5,231,160	+		GFF5237	0.20	+0.3
5,231,160	+		GFF5237	0.20	-0.4
5,231,166	-		GFF5237	0.20	-0.4
5,231,166	-		GFF5237	0.20	-0.0
5,231,187	-		GFF5237	0.22	-0.1
5,231,195	-		GFF5237	0.23	-1.6
5,231,205	+		GFF5237	0.24	-0.6
5,231,242	-		GFF5237	0.27	-1.0
5,231,244	+		GFF5237	0.27	+0.3
5,231,249	+		GFF5237	0.27	-1.7
5,231,249	+		GFF5237	0.27	-2.0
5,231,302	-		GFF5237	0.32	-1.6
5,231,319	-		GFF5237	0.33	+1.2
5,231,342	-		GFF5237	0.35	+0.0
5,231,343	+		GFF5237	0.35	-0.8
5,231,371	-		GFF5237	0.38	-1.2
5,231,375	+		GFF5237	0.38	-0.5
5,231,375	+		GFF5237	0.38	+0.8
5,231,375	+		GFF5237	0.38	-0.6
5,231,383	-		GFF5237	0.39	-0.8
5,231,427	+		GFF5237	0.42	-1.0
5,231,427	+		GFF5237	0.42	+0.7
5,231,427	+		GFF5237	0.42	-2.0
5,231,427	+		GFF5237	0.42	-3.0
5,231,435	-		GFF5237	0.43	+0.4
5,231,435	-		GFF5237	0.43	-0.6
5,231,435	-		GFF5237	0.43	+0.3
5,231,435	-		GFF5237	0.43	+0.1
5,231,453	-		GFF5237	0.44	+1.1
5,231,453	-		GFF5237	0.44	-1.4
5,231,456	+		GFF5237	0.45	+1.4
5,231,464	+		GFF5237	0.45	+0.2
5,231,471	+		GFF5237	0.46	+0.4
5,231,484	+		GFF5237	0.47	-1.3
5,231,484	+		GFF5237	0.47	+0.8
5,231,484	+		GFF5237	0.47	-1.0
5,231,484	+		GFF5237	0.47	-1.5
5,231,484	+		GFF5237	0.47	-1.8
5,231,484	+		GFF5237	0.47	-0.1
5,231,484	+		GFF5237	0.47	-1.4
5,231,484	+		GFF5237	0.47	+0.6
5,231,489	+		GFF5237	0.47	+0.2
5,231,492	-		GFF5237	0.48	-1.1
5,231,492	-		GFF5237	0.48	-0.0
5,231,492	-		GFF5237	0.48	-0.4
5,231,492	-		GFF5237	0.48	+1.0
5,231,492	-		GFF5237	0.48	+0.0
5,231,492	-		GFF5237	0.48	-0.4
5,231,497	+		GFF5237	0.48	-0.8
5,231,497	+		GFF5237	0.48	-0.1
5,231,497	-		GFF5237	0.48	+0.2
5,231,505	-		GFF5237	0.49	-1.5
5,231,505	-		GFF5237	0.49	+0.2
5,231,517	-		GFF5237	0.50	-0.4
5,231,519	+		GFF5237	0.50	-0.6
5,231,522	-		GFF5237	0.50	-0.4
5,231,522	-		GFF5237	0.50	+0.0
5,231,558	-		GFF5237	0.53	-1.2
5,231,593	+		GFF5237	0.56	+0.1
5,231,595	-		GFF5237	0.56	-1.1
5,231,606	+		GFF5237	0.57	+1.0
5,231,639	-		GFF5237	0.60	+0.8
5,231,639	-		GFF5237	0.60	-0.3
5,231,641	+		GFF5237	0.60	-1.1
5,231,641	+		GFF5237	0.60	-0.8
5,231,677	+		GFF5237	0.63	+0.7
5,231,685	-		GFF5237	0.64	-0.9
5,231,685	-		GFF5237	0.64	+0.9
5,231,685	-		GFF5237	0.64	-0.3
5,231,685	-		GFF5237	0.64	+1.0
5,231,685	-		GFF5237	0.64	+0.4
5,231,685	-		GFF5237	0.64	-0.8
5,231,685	-		GFF5237	0.64	+0.6
5,231,698	+		GFF5237	0.65	+0.7
5,231,698	+		GFF5237	0.65	-2.7
5,231,706	-		GFF5237	0.66	-0.8
5,231,726	+		GFF5237	0.67	+0.7
5,231,726	+		GFF5237	0.67	-0.2
5,231,726	+		GFF5237	0.67	-0.2
5,231,734	-		GFF5237	0.68	-1.1
5,231,734	-		GFF5237	0.68	-0.3
5,231,823	+		GFF5237	0.75	+1.0
5,231,823	+		GFF5237	0.75	+0.5
5,231,831	-		GFF5237	0.76	-0.2
5,231,831	-		GFF5237	0.76	-0.7
5,231,836	-		GFF5237	0.76	-2.0
5,231,855	+		GFF5237	0.78	-1.5
5,231,856	+		GFF5237	0.78	-1.4
5,231,856	+		GFF5237	0.78	+1.3
5,231,862	+		GFF5237	0.79	-0.1
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-0.1
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-1.5
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-0.0
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-0.4
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-0.1
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-0.9
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-0.3
5,231,919	+		GFF5237	0.83	-0.0
5,231,924	+		GFF5237	0.84	-1.2
5,231,924	+		GFF5237	0.84	-0.6
5,231,924	+		GFF5237	0.84	+0.3
5,231,924	+		GFF5237	0.84	-0.3
5,231,924	+		GFF5237	0.84	+1.0
5,231,924	+		GFF5237	0.84	-1.7
5,231,924	+		GFF5237	0.84	+0.1
5,231,924	+		GFF5237	0.84	-1.3
5,231,924	+		GFF5237	0.84	-0.1
5,231,926	-		GFF5237	0.84	-0.4
5,231,927	-		GFF5237	0.84	-0.7
5,231,927	-		GFF5237	0.84	-0.4
5,231,927	-		GFF5237	0.84	+0.2
5,231,927	-		GFF5237	0.84	+1.3
5,231,927	-		GFF5237	0.84	-0.5
5,231,927	-		GFF5237	0.84	-1.8
5,231,927	-		GFF5237	0.84	+0.8
5,231,927	-		GFF5237	0.84	-0.5
5,231,932	-		GFF5237	0.85	-0.2
5,231,932	-		GFF5237	0.85	-0.2
5,231,932	-		GFF5237	0.85	-0.7
5,231,932	-		GFF5237	0.85	-0.9
5,231,932	-		GFF5237	0.85	-0.1
5,231,932	-		GFF5237	0.85	+0.3
5,231,932	-		GFF5237	0.85	-0.8
5,231,932	-		GFF5237	0.85	+0.7
5,231,932	-		GFF5237	0.85	-0.5
5,231,946	-		GFF5237	0.86	-1.6
5,231,946	-		GFF5237	0.86	+0.5
5,231,957	+		GFF5237	0.87	-1.3
5,231,957	+		GFF5237	0.87	-0.1
5,231,957	+		GFF5237	0.87	+0.7
5,231,957	+		GFF5237	0.87	-0.2
5,231,957	+		GFF5237	0.87	-0.3
5,231,957	+		GFF5237	0.87	-1.4
5,231,957	+		GFF5237	0.87	-0.4
5,231,965	-		GFF5237	0.87	+0.7
5,231,965	-		GFF5237	0.87	+0.1
5,231,965	-		GFF5237	0.87	-0.6
5,231,965	-		GFF5237	0.87	+1.0
5,231,965	-		GFF5237	0.87	+0.4
5,231,965	-		GFF5237	0.87	+0.3
5,231,965	-		GFF5237	0.87	-0.0
5,231,974	+		GFF5237	0.88	-1.6
5,231,990	-		GFF5237	0.89	+0.4
5,231,990	-		GFF5237	0.89	+1.0
5,231,990	-		GFF5237	0.89	-0.3
5,232,006	-				-0.4
5,232,051	-				+0.3
5,232,064	+				+0.8
5,232,110	+				+0.9
5,232,118	-				-1.2
5,232,120	+				+1.5
5,232,120	-				-1.5
5,232,128	-				-0.6
5,232,144	-				+1.0
5,232,144	-				-1.0
5,232,151	+				-0.9
5,232,178	+				-0.1
5,232,234	+				+0.2
5,232,253	+				-0.2
5,232,284	-		GFF5238	0.12	-0.9
5,232,290	-		GFF5238	0.12	-0.4
5,232,293	-		GFF5238	0.13	-1.2
5,232,308	+		GFF5238	0.14	+0.3
5,232,308	+		GFF5238	0.14	-0.5
5,232,308	+		GFF5238	0.14	-2.0
5,232,308	+		GFF5238	0.14	-0.3
5,232,350	+		GFF5238	0.17	+0.4
5,232,358	-		GFF5238	0.17	-1.7
5,232,358	-		GFF5238	0.17	+0.6
5,232,421	-		GFF5238	0.22	-0.9
5,232,423	-		GFF5238	0.22	-1.5
5,232,438	+		GFF5238	0.23	-0.9
5,232,462	+		GFF5238	0.24	+0.5
5,232,462	+		GFF5238	0.24	-0.1
5,232,470	-		GFF5238	0.25	-0.8
5,232,470	-		GFF5238	0.25	-0.2
5,232,489	+		GFF5238	0.26	-0.2
5,232,496	-		GFF5238	0.27	-0.6
5,232,499	+		GFF5238	0.27	-0.3
5,232,505	+		GFF5238	0.28	-2.2
5,232,513	+		GFF5238	0.28	+0.1
5,232,513	-		GFF5238	0.28	+0.6
5,232,538	-		GFF5238	0.30	+0.7
5,232,547	+		GFF5238	0.30	+0.3
5,232,547	+		GFF5238	0.30	+0.8
5,232,547	+		GFF5238	0.30	-0.3
5,232,555	-		GFF5238	0.31	-0.2
5,232,555	-		GFF5238	0.31	+0.1
5,232,555	-		GFF5238	0.31	-1.9
5,232,565	-		GFF5238	0.32	-1.0
5,232,592	+		GFF5238	0.34	+0.2
5,232,598	-		GFF5238	0.34	-0.2
5,232,599	-		GFF5238	0.34	-1.3
5,232,639	+		GFF5238	0.37	+0.5
5,232,639	+		GFF5238	0.37	-0.3
5,232,639	+		GFF5238	0.37	-0.2
5,232,647	-		GFF5238	0.37	+0.4
5,232,659	-		GFF5238	0.38	-0.3
5,232,700	-		GFF5238	0.41	+0.1
5,232,712	+		GFF5238	0.42	-0.6
5,232,712	+		GFF5238	0.42	-0.4
5,232,712	+		GFF5238	0.42	-0.4
5,232,712	+		GFF5238	0.42	-0.6
5,232,713	-		GFF5238	0.42	+1.0
5,232,713	-		GFF5238	0.42	-0.4
5,232,720	-		GFF5238	0.43	-0.9
5,232,733	-		GFF5238	0.44	-2.2
5,232,738	-		GFF5238	0.44	-1.5
5,232,740	+		GFF5238	0.44	-0.3
5,232,740	+		GFF5238	0.44	+0.5
5,232,745	+		GFF5238	0.44	-0.6
5,232,745	+		GFF5238	0.44	-1.0
5,232,745	+		GFF5238	0.44	-0.4
5,232,748	-		GFF5238	0.45	-1.5
5,232,751	-		GFF5238	0.45	-1.0
5,232,753	-		GFF5238	0.45	+0.8
5,232,753	-		GFF5238	0.45	-0.8
5,232,765	-		GFF5238	0.46	+1.1
5,232,765	-		GFF5238	0.46	+0.8
5,232,765	-		GFF5238	0.46	+0.1
5,232,765	-		GFF5238	0.46	-0.8
5,232,766	-		GFF5238	0.46	-0.6
5,232,766	-		GFF5238	0.46	-0.6
5,232,790	-		GFF5238	0.48	-0.8
5,232,800	-		GFF5238	0.48	-0.6
5,232,810	-		GFF5238	0.49	+0.3
5,232,818	-		GFF5238	0.49	+0.8
5,232,818	-		GFF5238	0.49	-1.5
5,232,825	+		GFF5238	0.50	-0.9
5,232,882	-		GFF5238	0.54	-0.9
5,232,883	-		GFF5238	0.54	-1.1
5,232,891	+		GFF5238	0.55	-1.7
5,232,891	+		GFF5238	0.55	-0.6
5,232,891	+		GFF5238	0.55	-0.5
5,232,899	-		GFF5238	0.55	+0.2
5,232,899	-		GFF5238	0.55	-0.9
5,232,899	-		GFF5238	0.55	+0.2
5,232,899	-		GFF5238	0.55	-0.2
5,232,899	-		GFF5238	0.55	-1.2
5,232,899	-		GFF5238	0.55	-0.4
5,232,899	-		GFF5238	0.55	-0.4
5,232,917	-		GFF5238	0.56	-1.4
5,232,919	+		GFF5238	0.57	+0.4
5,232,946	-		GFF5238	0.58	-0.3
5,232,948	+		GFF5238	0.59	-0.9
5,232,965	+		GFF5238	0.60	-0.4
5,232,991	-		GFF5238	0.62	-0.4
5,233,100	-		GFF5238	0.69	-0.4
5,233,118	+		GFF5238	0.71	+0.5
5,233,126	-		GFF5238	0.71	-0.9
5,233,127	-		GFF5238	0.71	-1.2
5,233,127	-		GFF5238	0.71	-0.2
5,233,131	-		GFF5238	0.71	-0.0
5,233,132	-		GFF5238	0.72	+0.3
5,233,132	-		GFF5238	0.72	-1.0
5,233,132	-		GFF5238	0.72	-0.4
5,233,141	+		GFF5238	0.72	-0.3
5,233,164	-		GFF5238	0.74	-0.6
5,233,164	-		GFF5238	0.74	-1.4
5,233,202	+		GFF5238	0.76	-1.9
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