Strain Fitness in Sphingobium sp. HT1-2 around GFF4152

Experiment: EMM_noCarbon with Sucrose and Ammonium Sulfate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	EMM_noCarbon with Sucrose and Ammonium Sulfate
4,175,575	+				-1.3
4,175,575	+				-0.8
4,175,575	+				+0.2
4,175,575	+				+0.2
4,175,575	+				-2.7
4,175,575	+				-0.7
4,175,575	+				-1.6
4,175,575	+				-2.0
4,175,580	+				-0.1
4,175,582	+				-0.2
4,175,582	+				-2.1
4,175,582	-				-0.6
4,175,583	-				-1.7
4,175,583	-				-0.8
4,175,583	-				-2.3
4,175,583	-				-3.0
4,175,590	+				-0.6
4,175,590	+				-0.9
4,175,590	+				-0.2
4,175,593	-				-0.9
4,175,598	-				-0.2
4,175,613	+		GFF4150	0.11	-2.4
4,175,618	+		GFF4150	0.13	-0.3
4,175,652	+		GFF4150	0.23	-1.9
4,175,660	+		GFF4150	0.26	-1.1
4,175,660	-		GFF4150	0.26	+0.7
4,175,661	+		GFF4150	0.26	-0.1
4,175,669	-		GFF4150	0.28	-0.2
4,175,669	-		GFF4150	0.28	-0.4
4,175,717	+		GFF4150	0.43	-0.4
4,175,750	+		GFF4150	0.53	-1.0
4,175,754	-		GFF4150	0.55	-1.1
4,175,758	-		GFF4150	0.56	+0.1
4,175,766	+		GFF4150	0.58	-0.3
4,175,793	-		GFF4150	0.67	-0.8
4,175,795	+		GFF4150	0.67	-0.3
4,175,805	+		GFF4150	0.70	+0.2
4,175,805	+		GFF4150	0.70	+0.4
4,175,806	+		GFF4150	0.71	-0.4
4,175,806	+		GFF4150	0.71	+0.4
4,175,814	-		GFF4150	0.73	-0.1
4,175,814	-		GFF4150	0.73	+0.4
4,175,814	-		GFF4150	0.73	-1.5
4,175,814	-		GFF4150	0.73	-0.9
4,175,814	-		GFF4150	0.73	-0.4
4,175,814	-		GFF4150	0.73	-0.7
4,175,814	-		GFF4150	0.73	-1.8
4,175,823	-		GFF4150	0.76	-0.3
4,175,833	-		GFF4150	0.79	-1.0
4,175,857	-		GFF4150	0.86	+0.1
4,175,882	+				-1.7
4,175,890	-				-1.6
4,175,900	+				-0.7
4,175,900	+				-0.9
4,175,908	-				-0.7
4,175,908	-				+0.2
4,175,908	-				-0.4
4,175,930	+				+0.6
4,175,930	+				-1.2
4,175,936	-				+0.7
4,175,937	-				-1.3
4,175,938	-				+0.4
4,175,956	-				-0.3
4,175,989	-				-0.7
4,175,989	-				+0.5
4,176,018	+				+0.6
4,176,041	+				+0.3
4,176,056	+		GFF4151	0.11	-1.1
4,176,056	+		GFF4151	0.11	-1.2
4,176,056	+		GFF4151	0.11	-1.1
4,176,056	+		GFF4151	0.11	-0.9
4,176,056	+		GFF4151	0.11	-0.2
4,176,056	+		GFF4151	0.11	-2.4
4,176,056	+		GFF4151	0.11	+0.8
4,176,064	-		GFF4151	0.12	-2.0
4,176,064	-		GFF4151	0.12	-1.4
4,176,064	-		GFF4151	0.12	-1.6
4,176,064	-		GFF4151	0.12	-0.6
4,176,068	+		GFF4151	0.13	-1.2
4,176,068	+		GFF4151	0.13	-0.2
4,176,068	+		GFF4151	0.13	-0.6
4,176,073	+		GFF4151	0.14	-0.5
4,176,073	+		GFF4151	0.14	-2.2
4,176,074	+		GFF4151	0.14	-0.8
4,176,076	-		GFF4151	0.14	-2.2
4,176,076	-		GFF4151	0.14	-0.2
4,176,076	-		GFF4151	0.14	-0.1
4,176,076	-		GFF4151	0.14	-1.3
4,176,076	-		GFF4151	0.14	-1.2
4,176,076	-		GFF4151	0.14	-0.5
4,176,079	+		GFF4151	0.15	+0.7
4,176,081	-		GFF4151	0.15	-1.0
4,176,081	-		GFF4151	0.15	-2.1
4,176,081	-		GFF4151	0.15	-0.6
4,176,081	-		GFF4151	0.15	-1.1
4,176,084	+		GFF4151	0.16	-2.3
4,176,087	-		GFF4151	0.16	+0.9
4,176,089	+		GFF4151	0.17	+1.3
4,176,125	+		GFF4151	0.23	-0.6
4,176,125	+		GFF4151	0.23	-0.8
4,176,130	+		GFF4151	0.24	+0.7
4,176,133	-		GFF4151	0.25	-0.6
4,176,141	+		GFF4151	0.26	-1.2
4,176,149	+		GFF4151	0.27	+1.2
4,176,160	+		GFF4151	0.29	+0.2
4,176,168	-		GFF4151	0.31	-1.1
4,176,169	-		GFF4151	0.31	-2.2
4,176,171	+		GFF4151	0.31	-0.2
4,176,172	+		GFF4151	0.32	+1.1
4,176,180	-		GFF4151	0.33	-0.6
4,176,180	-		GFF4151	0.33	-0.1
4,176,183	-		GFF4151	0.34	-1.6
4,176,195	+		GFF4151	0.36	-2.7
4,176,195	+		GFF4151	0.36	+0.5
4,176,195	+		GFF4151	0.36	-0.5
4,176,195	+		GFF4151	0.36	+0.3
4,176,197	-		GFF4151	0.36	+0.5
4,176,197	-		GFF4151	0.36	-0.2
4,176,197	-		GFF4151	0.36	-1.1
4,176,203	-		GFF4151	0.37	-1.2
4,176,234	+		GFF4151	0.43	-1.3
4,176,252	+		GFF4151	0.46	-1.5
4,176,254	+		GFF4151	0.46	-1.3
4,176,254	+		GFF4151	0.46	+0.2
4,176,254	+		GFF4151	0.46	-0.1
4,176,254	+		GFF4151	0.46	+0.1
4,176,254	+		GFF4151	0.46	-0.9
4,176,254	+		GFF4151	0.46	+0.3
4,176,257	-		GFF4151	0.47	-1.8
4,176,262	-		GFF4151	0.48	-0.5
4,176,262	-		GFF4151	0.48	+0.2
4,176,262	-		GFF4151	0.48	+0.1
4,176,281	+		GFF4151	0.51	+0.7
4,176,282	+		GFF4151	0.51	-1.4
4,176,300	-		GFF4151	0.55	+0.7
4,176,310	-		GFF4151	0.56	-2.8
4,176,331	+		GFF4151	0.60	-0.7
4,176,331	+		GFF4151	0.60	+0.4
4,176,339	-		GFF4151	0.62	-0.9
4,176,339	-		GFF4151	0.62	-1.0
4,176,341	+		GFF4151	0.62	-2.2
4,176,350	-		GFF4151	0.64	-0.1
4,176,351	-		GFF4151	0.64	-0.8
4,176,382	+		GFF4151	0.69	-2.2
4,176,382	+		GFF4151	0.69	-0.7
4,176,382	+		GFF4151	0.69	-1.7
4,176,382	+		GFF4151	0.69	-1.0
4,176,382	+		GFF4151	0.69	-0.5
4,176,382	+		GFF4151	0.69	+0.7
4,176,382	+		GFF4151	0.69	-1.4
4,176,382	+		GFF4151	0.69	-0.4
4,176,390	-		GFF4151	0.71	+0.3
4,176,390	-		GFF4151	0.71	-0.3
4,176,390	-		GFF4151	0.71	+0.6
4,176,390	-		GFF4151	0.71	-0.8
4,176,390	-		GFF4151	0.71	-0.2
4,176,390	-		GFF4151	0.71	-1.0
4,176,390	-		GFF4151	0.71	-0.3
4,176,390	-		GFF4151	0.71	+0.6
4,176,390	-		GFF4151	0.71	-1.4
4,176,390	-		GFF4151	0.71	-0.6
4,176,399	+		GFF4151	0.72	+0.1
4,176,399	+		GFF4151	0.72	-0.5
4,176,409	+		GFF4151	0.74	-0.2
4,176,481	+		GFF4151	0.87	-0.7
4,176,487	+		GFF4151	0.88	-0.8
4,176,512	+				-1.9
4,176,512	+				+0.7
4,176,559	+				-1.9
4,176,560	-				+0.8
4,176,567	-				+1.2
4,176,567	-				+0.4
4,176,580	-				-0.5
4,176,587	-				+1.0
4,176,597	-				-0.9
4,176,597	-				+0.1
4,176,609	+				-0.4
4,176,610	+				+0.0
4,176,615	-				-1.3
4,176,617	-				-1.7
4,176,617	-				-1.7
4,176,617	-				+1.0
4,176,627	-				+0.3
4,176,645	+				-0.0
4,176,645	+				+0.2
4,176,647	-				-1.4
4,176,650	+		GFF4152	0.10	-0.2
4,176,650	+		GFF4152	0.10	-0.3
4,176,650	+		GFF4152	0.10	-2.6
4,176,653	-		GFF4152	0.11	-0.1
4,176,653	-		GFF4152	0.11	-0.7
4,176,653	-		GFF4152	0.11	-1.4
4,176,655	+		GFF4152	0.11	-0.6
4,176,658	-		GFF4152	0.11	-0.6
4,176,660	+		GFF4152	0.12	-1.0
4,176,663	-		GFF4152	0.12	-0.0
4,176,663	-		GFF4152	0.12	+0.1
4,176,663	-		GFF4152	0.12	-1.8
4,176,663	-		GFF4152	0.12	+0.5
4,176,677	-		GFF4152	0.14	+0.5
4,176,688	+		GFF4152	0.15	+1.1
4,176,688	+		GFF4152	0.15	-1.6
4,176,688	+		GFF4152	0.15	-0.3
4,176,688	+		GFF4152	0.15	-0.4
4,176,693	+		GFF4152	0.16	+1.2
4,176,696	-		GFF4152	0.16	+0.4
4,176,696	-		GFF4152	0.16	-0.5
4,176,696	-		GFF4152	0.16	+0.7
4,176,696	-		GFF4152	0.16	-0.4
4,176,696	-		GFF4152	0.16	-0.7
4,176,727	-		GFF4152	0.21	+0.9
4,176,729	+		GFF4152	0.21	+0.6
4,176,729	+		GFF4152	0.21	-0.6
4,176,729	+		GFF4152	0.21	-1.6
4,176,729	+		GFF4152	0.21	+1.3
4,176,729	+		GFF4152	0.21	-0.7
4,176,729	+		GFF4152	0.21	-0.7
4,176,732	-		GFF4152	0.21	-0.6
4,176,732	-		GFF4152	0.21	-0.3
4,176,732	-		GFF4152	0.21	-0.9
4,176,732	-		GFF4152	0.21	-0.5
4,176,737	-		GFF4152	0.22	+0.0
4,176,737	-		GFF4152	0.22	+1.0
4,176,737	-		GFF4152	0.22	-1.1
4,176,737	-		GFF4152	0.22	-1.7
4,176,747	-		GFF4152	0.23	+0.9
4,176,791	-		GFF4152	0.29	+0.5
4,176,861	+		GFF4152	0.39	-1.9
4,176,871	+		GFF4152	0.40	-1.3
4,176,871	+		GFF4152	0.40	-0.9
4,176,871	+		GFF4152	0.40	-1.8
4,176,876	+		GFF4152	0.41	-0.5
4,176,879	-		GFF4152	0.41	+0.2
4,176,891	-		GFF4152	0.43	-1.6
4,176,919	+		GFF4152	0.47	+0.1
4,176,919	+		GFF4152	0.47	+0.7
4,176,927	-		GFF4152	0.48	+0.0
4,176,927	-		GFF4152	0.48	-0.5
4,176,947	+		GFF4152	0.51	+0.4
4,176,947	+		GFF4152	0.51	-1.6
4,176,955	-		GFF4152	0.52	+1.0
4,176,955	-		GFF4152	0.52	+0.6
4,176,955	-		GFF4152	0.52	+0.8
4,176,957	+		GFF4152	0.52	+0.8
4,176,957	+		GFF4152	0.52	-0.5
4,176,957	+		GFF4152	0.52	-1.3
4,176,960	-		GFF4152	0.52	-0.3
4,176,960	-		GFF4152	0.52	-2.0
4,176,960	-		GFF4152	0.52	-0.1
4,176,965	-		GFF4152	0.53	-1.1
4,176,967	+		GFF4152	0.53	-1.4
4,176,975	-		GFF4152	0.54	+1.3
4,176,975	-		GFF4152	0.54	+1.1
4,176,978	+		GFF4152	0.55	+1.2
4,176,986	+		GFF4152	0.56	+0.3
4,176,986	+		GFF4152	0.56	-1.5
4,176,991	+		GFF4152	0.57	-0.6
4,176,994	-		GFF4152	0.57	-0.5
4,177,027	+		GFF4152	0.61	-2.6
4,177,027	+		GFF4152	0.61	-1.8
4,177,027	+		GFF4152	0.61	+0.1
4,177,055	+		GFF4152	0.65	+0.7
4,177,061	-		GFF4152	0.66	+0.7
4,177,062	-		GFF4152	0.66	-1.2
4,177,063	-		GFF4152	0.66	-1.1
4,177,064	+		GFF4152	0.67	+0.4
4,177,077	-		GFF4152	0.68	+0.8
4,177,079	+		GFF4152	0.69	+0.3
4,177,084	+		GFF4152	0.69	+0.4
4,177,087	-		GFF4152	0.70	+1.7
4,177,089	+		GFF4152	0.70	-0.5
4,177,107	+		GFF4152	0.72	-0.5
4,177,115	-		GFF4152	0.73	+0.6
4,177,115	-		GFF4152	0.73	+0.3
4,177,115	-		GFF4152	0.73	-1.5
4,177,135	+		GFF4152	0.76	-0.2
4,177,143	-		GFF4152	0.77	-1.5
4,177,145	+		GFF4152	0.78	-0.5
4,177,164	-		GFF4152	0.80	+0.0
4,177,188	+		GFF4152	0.83	+0.2
4,177,188	+		GFF4152	0.83	-0.2
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