Strain Fitness in Sphingobium sp. HT1-2 around GFF5282

Experiment: EMM_noCarbon with D-Glucose and Ammonium Sulfate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	EMM_noCarbon with D-Glucose and Ammonium Sulfate
5,271,567	-				-0.5
5,271,610	-				+0.9
5,271,620	-				+0.8
5,271,650	-				+0.0
5,271,705	-				+1.3
5,271,712	+				+0.8
5,271,730	-				+1.0
5,271,777	+				+0.7
5,271,804	-				+1.0
5,271,981	+		GFF5280	0.19	-1.8
5,272,003	-		GFF5280	0.28	-0.9
5,272,012	+		GFF5280	0.32	+0.0
5,272,017	-		GFF5280	0.34	-0.1
5,272,020	-		GFF5280	0.35	+1.0
5,272,027	+		GFF5280	0.38	+1.4
5,272,032	+		GFF5280	0.40	-0.2
5,272,032	+		GFF5280	0.40	-0.3
5,272,032	+		GFF5280	0.40	+0.3
5,272,032	+		GFF5280	0.40	-1.4
5,272,032	+		GFF5280	0.40	-0.6
5,272,032	+		GFF5280	0.40	-2.5
5,272,032	+		GFF5280	0.40	-0.3
5,272,040	-		GFF5280	0.43	-0.5
5,272,040	-		GFF5280	0.43	+0.5
5,272,040	-		GFF5280	0.43	-2.0
5,272,047	+		GFF5280	0.46	+0.2
5,272,047	+		GFF5280	0.46	-1.9
5,272,056	-		GFF5280	0.50	-1.1
5,272,068	-		GFF5280	0.54	-0.0
5,272,095	+		GFF5280	0.65	+0.1
5,272,095	+		GFF5280	0.65	-0.2
5,272,095	+		GFF5280	0.65	+0.6
5,272,105	+		GFF5280	0.70	+0.1
5,272,105	+		GFF5280	0.70	-0.2
5,272,105	+		GFF5280	0.70	+0.3
5,272,105	+		GFF5280	0.70	-1.0
5,272,105	+		GFF5280	0.70	-0.4
5,272,105	+		GFF5280	0.70	-0.3
5,272,107	+		GFF5280	0.70	+0.7
5,272,107	+		GFF5280	0.70	-0.9
5,272,107	+		GFF5280	0.70	+0.4
5,272,113	-		GFF5280	0.73	-0.9
5,272,113	-		GFF5280	0.73	-0.8
5,272,113	-		GFF5280	0.73	-0.0
5,272,113	-		GFF5280	0.73	+0.5
5,272,113	-		GFF5280	0.73	-1.1
5,272,113	-		GFF5280	0.73	-2.5
5,272,113	-		GFF5280	0.73	-0.8
5,272,115	-		GFF5280	0.74	-0.8
5,272,115	-		GFF5280	0.74	+0.9
5,272,151	+		GFF5280	0.88	-0.1
5,272,151	+		GFF5280	0.88	-0.2
5,272,151	+		GFF5280	0.88	+0.2
5,272,151	+		GFF5280	0.88	+0.0
5,272,151	+		GFF5280	0.88	-0.8
5,272,159	-				-0.6
5,272,159	-				-0.1
5,272,159	-				+0.9
5,272,289	+		GFF5281	0.39	+0.9
5,272,349	+		GFF5281	0.60	+0.1
5,272,349	+		GFF5281	0.60	+0.2
5,272,354	+		GFF5281	0.62	-0.0
5,272,354	+		GFF5281	0.62	+1.2
5,272,354	+		GFF5281	0.62	+0.7
5,272,354	+		GFF5281	0.62	+0.6
5,272,354	+		GFF5281	0.62	-2.3
5,272,354	+		GFF5281	0.62	+0.8
5,272,452	+				-0.7
5,272,452	+				+1.1
5,272,458	+				+0.8
5,272,464	+				+1.0
5,272,470	-				+0.8
5,272,472	+				+0.5
5,272,480	-				+0.8
5,272,480	-				+0.9
5,272,482	+				+1.0
5,272,490	-				+0.2
5,272,503	+				-2.0
5,272,514	+				-0.4
5,272,514	+				-0.8
5,272,514	+				-0.0
5,272,517	+				+1.4
5,272,517	-				+0.1
5,272,522	-				+0.0
5,272,522	-				-0.5
5,272,524	+				-0.5
5,272,527	+				-0.3
5,272,527	+				-0.2
5,272,530	-				+1.1
5,272,535	-				+0.7
5,272,535	-				-0.6
5,272,542	+				-2.5
5,272,542	+				+0.2
5,272,542	+				-2.5
5,272,546	+				-0.1
5,272,547	+				+0.2
5,272,547	+				+0.3
5,272,547	+				-0.2
5,272,550	-				+1.0
5,272,554	-				-1.1
5,272,554	-				+0.9
5,272,555	-				-0.2
5,272,591	-		GFF5282	0.10	+0.5
5,272,635	-		GFF5282	0.25	+1.4
5,272,650	+		GFF5282	0.31	-0.8
5,272,650	+		GFF5282	0.31	-0.4
5,272,650	+		GFF5282	0.31	-0.2
5,272,655	-		GFF5282	0.32	+0.7
5,272,658	-		GFF5282	0.33	+1.0
5,272,658	-		GFF5282	0.33	-0.5
5,272,676	-		GFF5282	0.40	-2.5
5,272,676	-		GFF5282	0.40	-1.0
5,272,716	+		GFF5282	0.53	-1.9
5,272,716	+		GFF5282	0.53	+0.3
5,272,716	+		GFF5282	0.53	-0.1
5,272,716	+		GFF5282	0.53	+0.6
5,272,716	+		GFF5282	0.53	-0.3
5,272,727	+		GFF5282	0.57	+1.4
5,272,754	+		GFF5282	0.66	+1.1
5,272,754	+		GFF5282	0.66	-0.9
5,272,754	+		GFF5282	0.66	-1.2
5,272,818	+		GFF5282	0.88	-0.4
5,273,043	+				+0.1
5,273,043	+				+0.9
5,273,043	+				-1.8
5,273,043	+				-0.3
5,273,302	+				-0.9
5,273,325	-				-1.6
5,273,338	+				-0.6
5,273,346	-				-0.2
5,273,347	+				+1.4
5,273,353	+				-0.9
5,273,359	-				-2.5
5,273,361	-				-0.9
5,273,361	-				-1.5
5,273,404	-				-0.2
5,273,426	-				+0.2
5,273,436	-				-2.1
5,273,436	-				-0.4
5,273,436	-				-1.2
5,273,469	+				-0.8
5,273,469	+				+0.5
5,273,469	-				-0.8
5,273,474	+				-0.7
5,273,477	-				+0.6
5,273,477	-				-1.7
5,273,479	-				+0.6
5,273,482	-				+0.6
5,273,482	-				+0.5
5,273,499	+				-0.2
5,273,499	+				-1.0
5,273,499	+				-1.0
5,273,499	+				-0.1
5,273,504	+				-0.8
5,273,504	+				-0.6
5,273,507	-				+0.4
5,273,507	-				+1.1
5,273,507	-				+0.7
5,273,507	-				-0.4
5,273,509	+				+0.6
5,273,509	+				-0.2
5,273,509	+				-0.4
5,273,509	+				-0.9
5,273,509	+				-1.3
5,273,509	+				+0.4
5,273,509	+				-0.8
5,273,509	+				-1.9
5,273,509	+				+1.7
5,273,509	+				-0.3
5,273,509	+				-2.3
5,273,509	+				+0.2
5,273,509	+				+0.1
5,273,509	+				-0.9
5,273,512	-				-0.3
5,273,514	+				-0.5
5,273,514	+				-0.9
5,273,514	+				-3.0
5,273,517	-				-0.2
5,273,517	-				+0.7
5,273,517	-				-0.9
5,273,517	-				-0.5
5,273,517	-				-0.3
5,273,517	-				-0.6
5,273,517	-				-2.1
5,273,517	-				-1.0
5,273,517	-				-0.8
5,273,517	-				+0.1
5,273,517	-				+0.2
5,273,522	-				-1.4
5,273,522	-				+0.3
5,273,556	+		GFF5283	0.10	-0.1
5,273,556	+		GFF5283	0.10	-0.2
5,273,564	-		GFF5283	0.10	-0.1
5,273,564	-		GFF5283	0.10	-3.0
5,273,564	-		GFF5283	0.10	-1.2
5,273,564	-		GFF5283	0.10	-0.5
5,273,564	-		GFF5283	0.10	-0.1
5,273,568	+		GFF5283	0.11	-1.1
5,273,577	+		GFF5283	0.11	+0.3
5,273,577	+		GFF5283	0.11	+0.8
5,273,577	+		GFF5283	0.11	-0.9
5,273,587	+		GFF5283	0.12	-0.1
5,273,647	+		GFF5283	0.15	+0.1
5,273,649	-		GFF5283	0.15	+0.5
5,273,687	+		GFF5283	0.17	-1.1
5,273,694	-		GFF5283	0.17	-0.6
5,273,713	+		GFF5283	0.18	+0.3
5,273,720	-		GFF5283	0.18	-0.2
5,273,734	-		GFF5283	0.19	+1.0
5,273,734	-		GFF5283	0.19	+0.1
5,273,769	+		GFF5283	0.21	+1.3
5,273,776	+		GFF5283	0.21	+1.0
5,273,821	+		GFF5283	0.24	-1.2
5,273,829	+		GFF5283	0.24	-0.7
5,273,829	-		GFF5283	0.24	-1.1
5,273,832	-		GFF5283	0.24	-0.3
5,273,837	-		GFF5283	0.25	+0.5