Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS09835

Experiment: without_iron2

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	without_iron2
2,097,380	+				-0.2
2,097,381	-				-0.3
2,097,381	-				-0.2
2,097,466	+				+0.1
2,097,528	+				-0.7
2,097,544	-				-0.1
2,097,996	+				-0.9
2,097,996	+				-0.9
2,097,997	-				-0.8
2,097,997	-				-0.0
2,098,015	+				-0.1
2,098,015	+				-0.3
2,098,015	+				-0.8
2,098,015	+				-0.7
2,098,016	-				+0.3
2,098,016	-				-0.8
2,098,098	-				+0.9
2,098,199	+				+0.9
2,098,199	+				-0.5
2,098,200	-				+0.3
2,098,409	+				+0.5
2,098,409	+				+0.8
2,098,409	+				+0.9
2,098,409	+				-0.9
2,098,409	+				+0.2
2,098,410	-				-0.1
2,098,410	-				-0.4
2,098,410	-				+0.5
2,098,410	-				-3.4
2,098,410	-				-0.2
2,098,410	-				-0.3
2,098,410	-				-0.1
2,098,667	+		AMB_RS09835	0.10	+0.4
2,098,668	-		AMB_RS09835	0.10	+0.5
2,098,668	-		AMB_RS09835	0.10	-0.9
2,098,668	-		AMB_RS09835	0.10	-0.7
2,098,668	-		AMB_RS09835	0.10	-0.2
2,098,668	-		AMB_RS09835	0.10	-0.3
2,098,668	-		AMB_RS09835	0.10	+0.4
2,098,669	+		AMB_RS09835	0.10	-0.6
2,098,669	+		AMB_RS09835	0.10	+0.2
2,098,670	-		AMB_RS09835	0.10	-0.2
2,098,670	-		AMB_RS09835	0.10	-0.0
2,098,814	+		AMB_RS09835	0.13	-0.5
2,098,814	+		AMB_RS09835	0.13	-1.8
2,098,814	+		AMB_RS09835	0.13	-0.0
2,098,814	+		AMB_RS09835	0.13	-0.7
2,098,814	+		AMB_RS09835	0.13	+0.1
2,098,814	+		AMB_RS09835	0.13	-0.6
2,098,815	-		AMB_RS09835	0.13	-0.9
2,098,815	-		AMB_RS09835	0.13	+0.1
2,098,815	-		AMB_RS09835	0.13	-0.1
2,098,815	-		AMB_RS09835	0.13	-0.1
2,098,868	+		AMB_RS09835	0.14	-0.1
2,098,868	+		AMB_RS09835	0.14	+0.5
2,098,869	-		AMB_RS09835	0.14	-0.4
2,099,166	-		AMB_RS09835	0.18	-1.7
2,099,469	-		AMB_RS09835	0.23	-0.5
2,099,469	-		AMB_RS09835	0.23	+0.0
2,099,477	-		AMB_RS09835	0.23	-0.8
2,099,477	-		AMB_RS09835	0.23	-0.7
2,099,670	-		AMB_RS09835	0.27	-0.3
2,099,793	-		AMB_RS09835	0.29	-0.5
2,099,793	-		AMB_RS09835	0.29	-0.5
2,099,794	+		AMB_RS09835	0.29	-0.3
2,099,794	+		AMB_RS09835	0.29	+0.7
2,099,794	+		AMB_RS09835	0.29	-1.1
2,099,794	+		AMB_RS09835	0.29	-0.4
2,099,794	+		AMB_RS09835	0.29	+0.3
2,099,921	+		AMB_RS09835	0.31	-0.7
2,099,921	+		AMB_RS09835	0.31	-0.4
2,099,921	+		AMB_RS09835	0.31	+0.4
2,099,921	+		AMB_RS09835	0.31	+0.1
2,099,922	-		AMB_RS09835	0.31	-0.2
2,099,922	-		AMB_RS09835	0.31	+0.4
2,100,293	+		AMB_RS09835	0.37	-1.0
2,100,293	+		AMB_RS09835	0.37	+0.5
2,100,293	+		AMB_RS09835	0.37	-0.2
2,100,293	+		AMB_RS09835	0.37	-0.2
2,100,294	-		AMB_RS09835	0.37	-1.5
2,100,333	-		AMB_RS09835	0.37	-0.3
2,100,333	-		AMB_RS09835	0.37	+0.3
2,100,659	+		AMB_RS09835	0.42	+0.3
2,100,659	+		AMB_RS09835	0.42	-0.3
2,100,660	-		AMB_RS09835	0.42	+0.1
2,100,870	+		AMB_RS09835	0.46	-1.5
2,100,871	-		AMB_RS09835	0.46	-0.0
2,100,871	-		AMB_RS09835	0.46	+0.2
2,100,871	-		AMB_RS09835	0.46	-0.4
2,101,033	+		AMB_RS09835	0.48	+0.1
2,101,034	-		AMB_RS09835	0.48	-1.1
2,101,034	-		AMB_RS09835	0.48	+0.0
2,101,133	+		AMB_RS09835	0.50	-0.5
2,101,133	+		AMB_RS09835	0.50	+0.0
2,101,133	+		AMB_RS09835	0.50	-0.7
2,101,133	+		AMB_RS09835	0.50	-0.1
2,101,134	-		AMB_RS09835	0.50	+0.2
2,101,134	-		AMB_RS09835	0.50	-0.2
2,101,134	-		AMB_RS09835	0.50	+0.9
2,101,134	-		AMB_RS09835	0.50	-0.5
2,101,137	-		AMB_RS09835	0.50	+0.2
2,101,137	-		AMB_RS09835	0.50	+0.9
2,101,167	-		AMB_RS09835	0.51	-0.1
2,101,167	-		AMB_RS09835	0.51	-0.3
2,101,197	+		AMB_RS09835	0.51	-2.1
2,101,197	+		AMB_RS09835	0.51	-1.8
2,101,308	-		AMB_RS09835	0.53	-0.7
2,101,604	+		AMB_RS09835	0.58	+0.6
2,101,604	+		AMB_RS09835	0.58	+1.8
2,101,605	-		AMB_RS09835	0.58	-0.3
2,101,605	-		AMB_RS09835	0.58	-0.2
2,101,605	-		AMB_RS09835	0.58	+0.1
2,101,605	-		AMB_RS09835	0.58	-1.0
2,101,605	-		AMB_RS09835	0.58	-0.5
2,101,605	-		AMB_RS09835	0.58	-0.7
2,101,605	-		AMB_RS09835	0.58	-0.1
2,101,910	+		AMB_RS09835	0.62	-0.2
2,101,910	+		AMB_RS09835	0.62	-0.8
2,102,038	-		AMB_RS09835	0.65	+0.0
2,102,038	-		AMB_RS09835	0.65	-0.2
2,102,038	-		AMB_RS09835	0.65	-0.2
2,102,282	+		AMB_RS09835	0.68	-0.1
2,102,282	+		AMB_RS09835	0.68	+0.2
2,102,282	+		AMB_RS09835	0.68	-0.7
2,102,283	-		AMB_RS09835	0.68	+1.1
2,102,283	-		AMB_RS09835	0.68	+0.9
2,102,534	+		AMB_RS09835	0.73	-0.5
2,102,534	+		AMB_RS09835	0.73	-0.4
2,102,534	+		AMB_RS09835	0.73	-0.0
2,102,535	-		AMB_RS09835	0.73	-0.9
2,102,535	-		AMB_RS09835	0.73	-0.5
2,102,535	-		AMB_RS09835	0.73	-0.1
2,102,535	-		AMB_RS09835	0.73	-2.0
2,102,535	-		AMB_RS09835	0.73	+0.0
2,102,540	-		AMB_RS09835	0.73	+0.2
2,102,644	+		AMB_RS09835	0.74	-0.5
2,102,645	-		AMB_RS09835	0.74	-0.3
2,102,645	-		AMB_RS09835	0.74	+0.0
2,102,678	+		AMB_RS09835	0.75	+0.2
2,102,679	-		AMB_RS09835	0.75	-0.4
2,102,723	+		AMB_RS09835	0.76	-0.3
2,102,723	+		AMB_RS09835	0.76	+0.1
2,102,724	-		AMB_RS09835	0.76	-0.5
2,102,724	-		AMB_RS09835	0.76	-0.5
2,102,724	-		AMB_RS09835	0.76	-1.3
2,102,724	-		AMB_RS09835	0.76	+3.1
2,102,724	-		AMB_RS09835	0.76	-0.0
2,102,882	+		AMB_RS09835	0.78	-0.3
2,102,882	+		AMB_RS09835	0.78	-0.7
2,102,882	+		AMB_RS09835	0.78	-1.0
2,102,882	+		AMB_RS09835	0.78	-0.4
2,102,883	-		AMB_RS09835	0.78	-0.3
2,102,883	-		AMB_RS09835	0.78	+0.9
2,103,008	+		AMB_RS09835	0.80	+1.1
2,103,008	+		AMB_RS09835	0.80	-1.4
2,103,008	+		AMB_RS09835	0.80	-0.1
2,103,008	+		AMB_RS09835	0.80	-0.1
2,103,725	+				+0.3
2,103,725	+				-0.3
2,103,725	+				-1.0
2,103,726	-				-0.7
2,103,726	-				+0.7
2,103,815	-				-0.1
2,103,870	-				-0.7
2,104,029	-				+0.1
2,104,034	+				+0.5
2,104,035	-				-0.3
2,104,035	-				-1.7
2,104,035	-				-0.2
2,104,094	+				-0.3
2,104,094	+				-0.5
2,104,094	+				-0.3
2,104,095	-				-0.4
2,104,095	-				-0.2
2,104,154	+				-0.9
2,104,154	+				-0.3
2,104,154	+				-0.2
2,104,154	+				+0.8
2,104,154	+				+0.8
2,104,155	-				+0.3
2,104,155	-				-0.0
2,104,155	-				+0.5
2,104,155	-				-0.6
2,104,155	-				-0.2
2,104,155	-				+0.2
2,104,155	-				+0.1
2,104,155	-				+1.1
2,104,175	+				+0.1
2,104,175	+				-0.4
2,104,265	+				-0.5
2,104,265	+				-0.2
2,104,265	+				-0.1
2,104,265	+				-0.6
2,104,265	+				-0.6
2,104,265	+				-0.4
2,104,265	+				-0.3
2,104,265	+				-1.5
2,104,265	+				-0.2
2,104,265	+				+0.2
2,104,265	+				-0.9
2,104,265	+				-0.6
2,104,265	+				+0.0
2,104,266	-				+0.5
2,104,266	-				-0.3
2,104,266	-				+1.4
2,104,266	-				-1.9
2,104,266	-				-0.9
2,104,266	-				-0.1
2,104,266	-				+1.1
2,104,266	-				+0.1
2,104,266	-				-0.5
2,104,266	-				-2.6
2,104,266	-				+0.3
2,104,266	-				-0.5
2,104,266	-				-0.2
2,104,266	-				-0.2
2,104,266	-				+1.3
2,104,266	-				+0.3
2,104,401	+		AMB_RS09840	0.13	-0.3
2,104,401	+		AMB_RS09840	0.13	-0.0
2,104,402	-		AMB_RS09840	0.13	-0.1
2,104,402	-		AMB_RS09840	0.13	+1.9
2,104,402	-		AMB_RS09840	0.13	+0.1
2,104,402	-		AMB_RS09840	0.13	+0.3
2,104,476	+		AMB_RS09840	0.19	-0.2
2,104,476	+		AMB_RS09840	0.19	-0.3
2,104,477	-		AMB_RS09840	0.19	+0.3
2,104,482	+		AMB_RS09840	0.20	+0.4
2,104,482	+		AMB_RS09840	0.20	+0.7
2,104,482	+		AMB_RS09840	0.20	-1.1
2,104,482	+		AMB_RS09840	0.20	+2.6
2,104,482	+		AMB_RS09840	0.20	-0.1
2,104,483	-		AMB_RS09840	0.20	-0.2
2,104,483	-		AMB_RS09840	0.20	-0.4
2,104,498	-		AMB_RS09840	0.21	-0.2
2,104,756	-		AMB_RS09840	0.45	-0.4
2,104,756	-		AMB_RS09840	0.45	+0.1
2,104,756	-		AMB_RS09840	0.45	-0.1
2,104,767	+		AMB_RS09840	0.46	+0.7
2,104,768	-		AMB_RS09840	0.46	+0.1
2,104,819	-		AMB_RS09840	0.50	-0.8
2,104,819	-		AMB_RS09840	0.50	+0.7
2,104,819	-		AMB_RS09840	0.50	-0.1
2,104,845	+		AMB_RS09840	0.53	+0.8
2,104,857	+		AMB_RS09840	0.54	+0.3
2,104,858	-		AMB_RS09840	0.54	-0.3
2,104,887	+		AMB_RS09840	0.56	+1.2
2,104,887	+		AMB_RS09840	0.56	+0.1
2,104,992	+		AMB_RS09840	0.66	+0.1
2,104,992	+		AMB_RS09840	0.66	+0.6
2,104,992	+		AMB_RS09840	0.66	-1.3
2,104,992	+		AMB_RS09840	0.66	+0.0
2,104,992	+		AMB_RS09840	0.66	+0.7
2,104,993	-		AMB_RS09840	0.66	-0.3
2,104,993	-		AMB_RS09840	0.66	-0.9
2,104,993	-		AMB_RS09840	0.66	-0.3
2,104,993	-		AMB_RS09840	0.66	-0.2
2,104,994	+		AMB_RS09840	0.66	-0.4