Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS20725

Experiment: 30_nonmag_2

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_nonmag_2
4,499,994	-		AMB_RS20720	0.28	+0.9
4,500,137	+		AMB_RS20720	0.40	-2.3
4,500,137	+		AMB_RS20720	0.40	-0.4
4,500,138	-		AMB_RS20720	0.40	-1.5
4,500,138	-		AMB_RS20720	0.40	+1.2
4,500,138	-		AMB_RS20720	0.40	+1.3
4,500,138	-		AMB_RS20720	0.40	+0.5
4,500,221	+		AMB_RS20720	0.46	-2.0
4,500,221	+		AMB_RS20720	0.46	-1.0
4,500,222	-		AMB_RS20720	0.46	-0.8
4,500,222	-		AMB_RS20720	0.46	-0.9
4,500,222	-		AMB_RS20720	0.46	-0.2
4,500,374	+		AMB_RS20720	0.59	+0.3
4,500,375	-		AMB_RS20720	0.59	-0.5
4,500,653	+		AMB_RS20720	0.81	+1.8
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	-2.6
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+1.2
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+0.2
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	-0.4
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+0.0
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+1.0
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+0.4
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	-2.8
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+1.4
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+0.6
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	+0.3
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	-0.1
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	-0.1
4,500,716	+		AMB_RS20720	0.86	-0.4
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-0.7
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-2.4
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-0.5
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	+0.3
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-0.4
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-0.9
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-0.4
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-0.0
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	+0.2
4,500,717	-		AMB_RS20720	0.86	-1.4
4,500,879	+				+1.0
4,500,879	+				-0.1
4,500,879	+				-2.3
4,500,879	+				-1.0
4,500,879	+				-0.7
4,500,880	-				-2.6
4,500,880	-				-0.1
4,500,918	+				-1.5
4,500,918	+				-3.6
4,500,919	-				-0.6
4,500,919	-				-0.4
4,500,923	+				-1.8
4,500,982	+				+0.4
4,501,272	+		AMB_RS20725	0.11	-0.0
4,501,272	+		AMB_RS20725	0.11	+0.6
4,501,272	+		AMB_RS20725	0.11	+1.7
4,501,272	+		AMB_RS20725	0.11	-0.5
4,501,272	+		AMB_RS20725	0.11	+0.4
4,501,272	+		AMB_RS20725	0.11	+0.5
4,501,273	-		AMB_RS20725	0.11	-2.8
4,501,273	-		AMB_RS20725	0.11	-1.1
4,501,273	-		AMB_RS20725	0.11	+0.6
4,501,468	-		AMB_RS20725	0.17	+0.3
4,501,884	+		AMB_RS20725	0.31	+0.4
4,501,884	+		AMB_RS20725	0.31	-1.8
4,501,885	-		AMB_RS20725	0.31	-0.6
4,501,885	-		AMB_RS20725	0.31	-1.7
4,501,885	-		AMB_RS20725	0.31	-2.0
4,501,990	-		AMB_RS20725	0.34	+0.6
4,502,143	-		AMB_RS20725	0.39	-0.9
4,502,178	+		AMB_RS20725	0.40	-0.3
4,502,178	+		AMB_RS20725	0.40	-2.9
4,502,529	+		AMB_RS20725	0.51	+0.5
4,502,529	+		AMB_RS20725	0.51	-2.0
4,502,530	-		AMB_RS20725	0.51	-4.0
4,502,530	-		AMB_RS20725	0.51	-0.2
4,502,530	-		AMB_RS20725	0.51	-0.0
4,502,530	-		AMB_RS20725	0.51	+0.8
4,502,530	-		AMB_RS20725	0.51	-3.0
4,502,531	+		AMB_RS20725	0.51	+0.1
4,502,532	-		AMB_RS20725	0.51	-0.4
4,502,532	-		AMB_RS20725	0.51	-1.2
4,502,532	-		AMB_RS20725	0.51	-0.4
4,502,532	-		AMB_RS20725	0.51	+0.5
4,502,532	-		AMB_RS20725	0.51	+0.0
4,502,541	+		AMB_RS20725	0.52	+1.1
4,502,541	+		AMB_RS20725	0.52	-3.4
4,502,541	+		AMB_RS20725	0.52	+2.5
4,502,541	+		AMB_RS20725	0.52	+0.2
4,502,542	-		AMB_RS20725	0.52	-0.6
4,502,542	-		AMB_RS20725	0.52	-1.1
4,502,542	-		AMB_RS20725	0.52	-3.8
4,502,724	+		AMB_RS20725	0.58	+0.3
4,502,724	+		AMB_RS20725	0.58	-1.0
4,502,724	+		AMB_RS20725	0.58	-0.2
4,502,725	-		AMB_RS20725	0.58	+0.4
4,502,858	+		AMB_RS20725	0.62	+0.6
4,502,858	+		AMB_RS20725	0.62	+0.7
4,502,858	+		AMB_RS20725	0.62	-0.1
4,502,858	+		AMB_RS20725	0.62	+0.0
4,502,859	-		AMB_RS20725	0.62	-1.0
4,502,859	-		AMB_RS20725	0.62	+0.6
4,502,859	-		AMB_RS20725	0.62	-1.0
4,503,063	+		AMB_RS20725	0.68	+1.1
4,503,063	+		AMB_RS20725	0.68	+2.0
4,503,063	+		AMB_RS20725	0.68	-0.0
4,503,063	+		AMB_RS20725	0.68	+0.6
4,503,063	+		AMB_RS20725	0.68	+0.6
4,503,064	-		AMB_RS20725	0.69	+0.1
4,503,064	-		AMB_RS20725	0.69	-0.7
4,503,064	-		AMB_RS20725	0.69	-0.4
4,503,211	-		AMB_RS20725	0.73	-0.7
4,503,306	+		AMB_RS20725	0.76	-0.0
4,503,306	+		AMB_RS20725	0.76	-0.4
4,503,306	+		AMB_RS20725	0.76	-3.2
4,503,306	+		AMB_RS20725	0.76	-0.1
4,503,306	+		AMB_RS20725	0.76	-2.5
4,503,307	-		AMB_RS20725	0.76	+0.3
4,503,333	+		AMB_RS20725	0.77	+0.7
4,503,334	-		AMB_RS20725	0.77	+0.6
4,503,731	+		AMB_RS20725	0.90	-2.2
4,503,731	+		AMB_RS20725	0.90	-1.7
4,503,731	+		AMB_RS20725	0.90	+0.2
4,503,731	+		AMB_RS20725	0.90	-2.6
4,503,732	-				+1.9
4,503,935	+				-0.0
4,503,935	+				-0.1
4,503,935	+				+0.3
4,503,935	+				+0.3
4,503,935	+				-0.4
4,503,935	+				-1.3
4,503,989	+				+0.8
4,503,989	+				-1.0
4,503,989	+				+0.8
4,503,990	-				+0.3
4,503,990	-				-0.4
4,504,141	+		AMB_RS20730	0.21	-0.1
4,504,141	+		AMB_RS20730	0.21	+0.3
4,504,141	+		AMB_RS20730	0.21	+1.3
4,504,144	-		AMB_RS20730	0.22	-0.6
4,504,144	-		AMB_RS20730	0.22	-0.5
4,504,144	-		AMB_RS20730	0.22	-2.0
4,504,237	+		AMB_RS20730	0.47	-1.0
4,504,237	+		AMB_RS20730	0.47	-2.6
4,504,237	+		AMB_RS20730	0.47	-0.2
4,504,238	-		AMB_RS20730	0.47	+0.4
4,504,238	-		AMB_RS20730	0.47	-0.4
4,504,432	+				-0.1
4,504,432	+				+0.6
4,504,451	+				-1.4
4,504,482	+				-0.4
4,504,659	+		AMB_RS20735	0.17	+0.6
4,504,659	+		AMB_RS20735	0.17	+0.1
4,504,660	-		AMB_RS20735	0.17	-0.0
4,504,881	+		AMB_RS20735	0.39	-1.7
4,504,882	-		AMB_RS20735	0.39	-0.5