Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS21435

Experiment: 30_initial_2

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_initial_2
4,644,948	+		AMB_RS21425	0.69	-0.2
4,644,948	+		AMB_RS21425	0.69	-0.7
4,644,948	+		AMB_RS21425	0.69	-0.5
4,644,949	-		AMB_RS21425	0.69	-1.9
4,644,949	-		AMB_RS21425	0.69	-0.4
4,645,190	+				-0.6
4,645,190	+				-0.3
4,645,190	+				+0.7
4,645,190	+				-0.1
4,645,191	-				+0.8
4,645,191	-				+0.2
4,645,205	+				-0.2
4,645,246	+				+0.5
4,645,247	-				-1.3
4,645,247	-				-0.1
4,645,302	+				-1.6
4,645,302	+				+1.1
4,645,375	+		AMB_RS21430	0.17	+1.8
4,645,415	-		AMB_RS21430	0.25	+0.3
4,645,773	+				-0.2
4,645,773	+				-0.8
4,645,774	-				-0.2
4,645,774	-				-0.6
4,645,774	-				+0.8
4,645,774	-				+0.1
4,645,792	+				-0.1
4,645,793	-				-0.6
4,645,793	-				+0.4
4,645,944	+				-0.9
4,645,945	-				-0.7
4,645,945	-				-0.7
4,645,945	-				-0.1
4,645,945	-				-0.6
4,645,968	+				-0.6
4,645,968	+				+0.2
4,645,968	+				-0.1
4,645,968	+				-0.6
4,645,968	+				+0.7
4,645,968	+				+0.1
4,645,968	+				-0.2
4,645,969	-				-1.7
4,645,969	-				-0.5
4,645,969	-				-0.2
4,645,969	-				+0.3
4,645,969	-				-0.6
4,645,969	-				-0.6
4,645,969	-				-0.5
4,645,969	-				-0.3
4,645,969	-				-0.4
4,645,969	-				-0.7
4,645,969	-				-0.6
4,645,969	-				-0.2
4,645,980	+				-0.5
4,645,980	+				-0.4
4,645,980	+				-0.6
4,645,981	-				-0.5
4,645,981	-				-0.5
4,645,981	-				-1.7
4,645,981	-				-1.3
4,645,981	-				+0.6
4,645,981	-				-0.5
4,645,981	-				+0.8
4,646,337	+		AMB_RS21435	0.22	-0.3
4,646,337	+		AMB_RS21435	0.22	-1.4
4,646,337	+		AMB_RS21435	0.22	-1.4
4,646,337	+		AMB_RS21435	0.22	-0.4
4,646,338	-		AMB_RS21435	0.22	-1.0
4,646,338	-		AMB_RS21435	0.22	-0.0
4,646,338	-		AMB_RS21435	0.22	+1.5
4,646,338	-		AMB_RS21435	0.22	-2.6
4,646,338	-		AMB_RS21435	0.22	-0.7
4,646,338	-		AMB_RS21435	0.22	-0.2
4,646,349	+		AMB_RS21435	0.22	-0.5
4,646,349	+		AMB_RS21435	0.22	-0.9
4,646,633	+		AMB_RS21435	0.36	+1.1
4,646,633	+		AMB_RS21435	0.36	-0.6
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	-0.6
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	-0.9
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	-0.5
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	-0.3
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	-0.6
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	-0.8
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	+0.6
4,646,634	-		AMB_RS21435	0.36	-0.8
4,646,819	+		AMB_RS21435	0.44	-1.0
4,646,819	+		AMB_RS21435	0.44	-0.6
4,646,819	+		AMB_RS21435	0.44	+0.2
4,646,819	+		AMB_RS21435	0.44	-1.3
4,646,819	+		AMB_RS21435	0.44	-0.5
4,646,820	-		AMB_RS21435	0.44	-0.0
4,646,820	-		AMB_RS21435	0.44	-1.0
4,646,820	-		AMB_RS21435	0.44	-0.3
4,646,820	-		AMB_RS21435	0.44	-0.6
4,646,820	-		AMB_RS21435	0.44	-0.0
4,646,820	-		AMB_RS21435	0.44	-0.0
4,646,822	+		AMB_RS21435	0.44	-0.0
4,646,822	+		AMB_RS21435	0.44	-1.0
4,646,822	+		AMB_RS21435	0.44	-0.7
4,646,822	+		AMB_RS21435	0.44	-0.6
4,646,822	+		AMB_RS21435	0.44	-1.7
4,646,822	+		AMB_RS21435	0.44	-0.5
4,646,823	-		AMB_RS21435	0.44	+0.0
4,646,823	-		AMB_RS21435	0.44	-0.4
4,646,823	-		AMB_RS21435	0.44	-0.4
4,646,823	-		AMB_RS21435	0.44	-0.9
4,647,017	+		AMB_RS21435	0.53	-0.6
4,647,017	+		AMB_RS21435	0.53	+1.0
4,647,017	+		AMB_RS21435	0.53	-1.3
4,647,017	+		AMB_RS21435	0.53	-0.5
4,647,017	+		AMB_RS21435	0.53	-0.4
4,647,018	-		AMB_RS21435	0.53	+0.4
4,647,018	-		AMB_RS21435	0.53	-2.4
4,647,018	-		AMB_RS21435	0.53	-0.2
4,647,018	-		AMB_RS21435	0.53	-0.2
4,647,018	-		AMB_RS21435	0.53	-0.9
4,647,018	-		AMB_RS21435	0.53	-2.4
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	+0.3
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	-0.5
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	-0.6
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	-0.1
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	-1.4
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	-0.5
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	-0.3
4,647,245	+		AMB_RS21435	0.64	-1.0
4,647,246	-		AMB_RS21435	0.64	-0.8
4,647,246	-		AMB_RS21435	0.64	-1.0
4,647,246	-		AMB_RS21435	0.64	-0.6
4,647,246	-		AMB_RS21435	0.64	-0.6
4,647,246	-		AMB_RS21435	0.64	-0.5
4,647,246	-		AMB_RS21435	0.64	-0.3
4,647,314	+		AMB_RS21435	0.67	-2.0
4,647,362	+		AMB_RS21435	0.69	-0.2
4,647,363	-		AMB_RS21435	0.70	+0.0
4,647,363	-		AMB_RS21435	0.70	-0.3
4,647,363	-		AMB_RS21435	0.70	+1.7
4,647,363	-		AMB_RS21435	0.70	-1.6
4,647,363	-		AMB_RS21435	0.70	+1.4
4,647,363	-		AMB_RS21435	0.70	-1.2
4,647,363	-		AMB_RS21435	0.70	-1.0
4,647,407	+		AMB_RS21435	0.72	+0.5
4,647,407	+		AMB_RS21435	0.72	+0.3
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	+0.2
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	+0.3
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	-1.2
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	-1.4
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	-0.1
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	-0.1
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	+0.1
4,647,408	-		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.3
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-1.2
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	+0.5
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	+0.0
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.0
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-1.0
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-1.1
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-1.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.0
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-1.1
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-1.0
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.5
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-1.2
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	+0.2
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.7
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,413	+		AMB_RS21435	0.72	+0.3
4,647,414	+		AMB_RS21435	0.72	-1.2
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.8
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.7
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.4
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.3
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-1.4
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-2.2
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.7
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-1.0
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.3
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-1.2
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.4
4,647,414	-		AMB_RS21435	0.72	-0.6
4,647,507	+		AMB_RS21435	0.76	-1.0
4,647,507	+		AMB_RS21435	0.76	-0.4
4,647,507	+		AMB_RS21435	0.76	-0.7
4,647,508	-		AMB_RS21435	0.76	-1.9
4,647,508	-		AMB_RS21435	0.76	-0.9
4,647,508	-		AMB_RS21435	0.76	-0.8
4,647,508	-		AMB_RS21435	0.76	-1.3
4,647,508	-		AMB_RS21435	0.76	-2.0
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-0.9
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-3.0
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-1.0
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-0.2
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	+1.0
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-0.3
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-2.0
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-1.1
4,647,509	+		AMB_RS21435	0.76	-0.0
4,647,510	-		AMB_RS21435	0.76	-0.6
4,647,510	-		AMB_RS21435	0.76	-0.1
4,647,510	-		AMB_RS21435	0.76	-0.3
4,647,510	-		AMB_RS21435	0.76	-0.1
4,647,597	+		AMB_RS21435	0.80	-1.2
4,647,597	+		AMB_RS21435	0.80	-1.1
4,647,597	+		AMB_RS21435	0.80	-0.6
4,647,598	-		AMB_RS21435	0.80	+0.5
4,647,598	-		AMB_RS21435	0.80	-1.7
4,647,598	-		AMB_RS21435	0.80	-0.8
4,647,668	+		AMB_RS21435	0.84	-1.5
4,647,668	+		AMB_RS21435	0.84	-0.4
4,647,668	+		AMB_RS21435	0.84	-0.9
4,647,669	-		AMB_RS21435	0.84	-0.2
4,647,669	-		AMB_RS21435	0.84	-0.6
4,647,737	+		AMB_RS21435	0.87	-0.2
4,647,738	-		AMB_RS21435	0.87	-1.6
4,647,776	+		AMB_RS21435	0.89	-0.3
4,647,776	+		AMB_RS21435	0.89	-0.8
4,647,776	+		AMB_RS21435	0.89	-1.1
4,647,806	+				-1.6
4,647,806	+				-0.9
4,647,806	+				-0.2
4,647,806	+				-0.4
4,647,806	+				-0.0
4,647,806	+				+0.8
4,647,806	+				-0.3
4,647,806	+				-1.3
4,647,806	+				-0.0
4,647,806	+				-0.1
4,647,806	+				+0.3
4,647,807	-				-0.6
4,647,807	-				-0.7
4,647,807	-				-0.2
4,647,807	-				+0.8
4,647,807	-				-0.9
4,647,807	-				+0.5
4,647,807	-				-0.6
4,647,807	-				-0.4
4,647,807	-				-0.1
4,647,807	-				-1.6
4,647,807	-				-1.2
4,647,807	-				-0.3
4,647,807	-				-1.0
4,647,893	+				-1.0
4,647,893	+				-0.5
4,647,893	+				-1.3
4,647,893	+				-0.0
4,647,894	-				-0.5
4,648,059	+				-1.0
4,648,060	-				-0.0
4,648,060	-				-0.1
4,648,060	-				-0.8
4,648,060	-				-0.0
4,648,060	-				-1.4
4,648,060	-				-0.6
4,648,060	-				-1.5
4,648,904	-		AMB_RS21445	0.10	-1.9
4,648,904	-		AMB_RS21445	0.10	+0.1
4,648,904	-		AMB_RS21445	0.10	-1.5
4,648,914	-		AMB_RS21445	0.11	-1.0