Strain Fitness in Magnetospirillum magneticum AMB-1 around AMB_RS19095

Experiment: 30_initial_2

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	30_initial_2
4,149,672	+		AMB_RS19090	0.43	+0.2
4,149,672	+		AMB_RS19090	0.43	-0.6
4,149,673	-		AMB_RS19090	0.43	+0.0
4,149,673	-		AMB_RS19090	0.43	+0.8
4,149,737	+		AMB_RS19090	0.47	-0.4
4,149,760	+		AMB_RS19090	0.48	-0.3
4,149,760	+		AMB_RS19090	0.48	-0.2
4,149,760	+		AMB_RS19090	0.48	-0.5
4,149,760	+		AMB_RS19090	0.48	+0.7
4,149,760	+		AMB_RS19090	0.48	-1.0
4,149,760	+		AMB_RS19090	0.48	+0.8
4,149,760	+		AMB_RS19090	0.48	-0.8
4,149,761	-		AMB_RS19090	0.48	-0.3
4,149,761	-		AMB_RS19090	0.48	-1.2
4,149,761	-		AMB_RS19090	0.48	+0.2
4,149,761	-		AMB_RS19090	0.48	-0.6
4,149,761	-		AMB_RS19090	0.48	-2.0
4,149,766	-		AMB_RS19090	0.49	+0.2
4,149,895	+		AMB_RS19090	0.56	+0.6
4,149,895	+		AMB_RS19090	0.56	-0.5
4,149,896	-		AMB_RS19090	0.56	-0.4
4,149,909	-		AMB_RS19090	0.57	+0.8
4,149,909	-		AMB_RS19090	0.57	+0.1
4,149,909	-		AMB_RS19090	0.57	-0.5
4,149,909	-		AMB_RS19090	0.57	-0.7
4,150,000	+		AMB_RS19090	0.62	-0.9
4,150,001	-		AMB_RS19090	0.62	-0.2
4,150,001	-		AMB_RS19090	0.62	-1.3
4,150,016	+		AMB_RS19090	0.63	+1.0
4,150,017	-		AMB_RS19090	0.63	-1.2
4,150,095	+		AMB_RS19090	0.68	-0.2
4,150,095	+		AMB_RS19090	0.68	-0.6
4,150,135	-		AMB_RS19090	0.70	-0.7
4,150,238	+		AMB_RS19090	0.76	-0.7
4,150,238	+		AMB_RS19090	0.76	-1.0
4,150,291	-		AMB_RS19090	0.79	+0.7
4,150,402	+		AMB_RS19090	0.86	+0.4
4,150,408	-		AMB_RS19090	0.86	+0.8
4,150,466	+		AMB_RS19090	0.90	-0.9
4,150,467	-		AMB_RS19090	0.90	+0.2
4,150,469	+		AMB_RS19090	0.90	-2.6
4,150,638	+				+0.4
4,150,638	+				-0.7
4,150,638	+				+0.2
4,150,638	+				-0.1
4,150,638	+				+1.5
4,150,638	+				+0.1
4,150,638	+				-0.1
4,150,639	-				-2.0
4,150,639	-				-1.1
4,150,639	-				-0.2
4,150,639	-				-0.4
4,150,641	+				-0.6
4,150,641	+				-0.1
4,150,642	-				-0.3
4,150,815	+				-2.2
4,150,816	-				-0.1
4,150,816	-				-0.2
4,150,893	+				-0.7
4,150,894	-				-1.2
4,150,894	-				-1.0
4,150,894	-				+0.3
4,151,134	-		AMB_RS19095	0.13	+0.1
4,151,196	-		AMB_RS19095	0.14	+0.6
4,151,203	+		AMB_RS19095	0.15	-1.7
4,151,203	+		AMB_RS19095	0.15	-0.3
4,151,204	-		AMB_RS19095	0.15	+0.7
4,151,246	+		AMB_RS19095	0.16	-1.0
4,151,246	+		AMB_RS19095	0.16	-2.0
4,151,247	-		AMB_RS19095	0.16	-0.2
4,151,284	+		AMB_RS19095	0.17	-0.6
4,151,284	+		AMB_RS19095	0.17	-0.6
4,151,284	+		AMB_RS19095	0.17	-0.9
4,151,285	-		AMB_RS19095	0.17	-0.1
4,151,285	-		AMB_RS19095	0.17	-0.2
4,151,393	-		AMB_RS19095	0.19	+2.3
4,151,460	+		AMB_RS19095	0.21	+0.6
4,151,675	+		AMB_RS19095	0.27	-0.9
4,151,676	-		AMB_RS19095	0.27	+1.8
4,151,676	-		AMB_RS19095	0.27	-0.0
4,151,676	-		AMB_RS19095	0.27	-0.2
4,151,693	-		AMB_RS19095	0.27	-1.9
4,151,721	+		AMB_RS19095	0.28	-0.4
4,151,721	+		AMB_RS19095	0.28	-0.2
4,151,722	-		AMB_RS19095	0.28	-2.0
4,151,758	-		AMB_RS19095	0.29	+1.3
4,151,950	+		AMB_RS19095	0.34	-0.0
4,151,950	+		AMB_RS19095	0.34	-0.0
4,151,950	+		AMB_RS19095	0.34	-1.3
4,151,950	+		AMB_RS19095	0.34	-1.1
4,151,951	-		AMB_RS19095	0.34	+0.2
4,151,951	-		AMB_RS19095	0.34	+1.1
4,151,979	-		AMB_RS19095	0.35	+0.1
4,152,127	-		AMB_RS19095	0.39	-0.2
4,152,136	+		AMB_RS19095	0.39	-0.4
4,152,136	+		AMB_RS19095	0.39	-0.1
4,152,137	-		AMB_RS19095	0.39	+0.0
4,152,171	+		AMB_RS19095	0.40	-1.2
4,152,171	+		AMB_RS19095	0.40	-0.7
4,152,207	+		AMB_RS19095	0.41	-0.5
4,152,208	-		AMB_RS19095	0.41	-0.0
4,152,274	+		AMB_RS19095	0.43	-0.3
4,152,275	-		AMB_RS19095	0.43	-0.3
4,152,310	+		AMB_RS19095	0.43	-0.7
4,152,310	+		AMB_RS19095	0.43	-0.4
4,152,310	+		AMB_RS19095	0.43	+1.2
4,152,310	+		AMB_RS19095	0.43	-3.6
4,152,311	-		AMB_RS19095	0.43	-0.2
4,152,352	+		AMB_RS19095	0.45	-0.9
4,152,352	+		AMB_RS19095	0.45	+0.5
4,152,352	+		AMB_RS19095	0.45	-0.4
4,152,412	-		AMB_RS19095	0.46	+0.5
4,152,615	+		AMB_RS19095	0.51	-0.5
4,152,616	-		AMB_RS19095	0.51	-0.0
4,152,636	+		AMB_RS19095	0.52	+0.0
4,152,637	-		AMB_RS19095	0.52	+0.5
4,152,637	-		AMB_RS19095	0.52	-0.7
4,152,637	-		AMB_RS19095	0.52	-0.0
4,152,714	+		AMB_RS19095	0.54	+0.2
4,152,762	+		AMB_RS19095	0.55	+0.1
4,152,823	+		AMB_RS19095	0.57	-0.4
4,152,863	-		AMB_RS19095	0.58	+0.8
4,152,863	-		AMB_RS19095	0.58	-1.6
4,153,013	+		AMB_RS19095	0.62	-0.6
4,153,016	-		AMB_RS19095	0.62	-0.7
4,153,185	-		AMB_RS19095	0.66	-1.3
4,153,283	+		AMB_RS19095	0.69	+0.0
4,153,447	+		AMB_RS19095	0.73	-1.0
4,153,449	+		AMB_RS19095	0.73	-0.2
4,153,450	-		AMB_RS19095	0.73	+0.6
4,153,650	+		AMB_RS19095	0.78	-1.4
4,153,681	+		AMB_RS19095	0.79	-0.5
4,153,792	-		AMB_RS19095	0.82	-0.3
4,153,904	-		AMB_RS19095	0.85	+0.9
4,153,948	-		AMB_RS19095	0.86	-0.6
4,153,948	-		AMB_RS19095	0.86	-1.6
4,153,986	+		AMB_RS19095	0.87	-0.6
4,154,023	-		AMB_RS19095	0.88	+0.1
4,154,099	+				-0.4
4,154,099	+				-0.0
4,154,100	-				-0.9
4,154,100	-				-1.8
4,154,100	-				-0.1
4,154,100	-				-0.4
4,154,100	-				+0.2
4,154,153	+				-0.0
4,154,153	+				-1.8
4,154,153	+				-0.4
4,154,223	+				+0.1
4,154,276	+				-0.4
4,154,277	-				-0.4
4,154,277	-				-0.3
4,154,479	+				-1.9
4,154,620	+		AMB_RS19100	0.11	+0.2
4,154,721	-		AMB_RS19100	0.19	-0.5
4,154,816	+		AMB_RS19100	0.27	-0.4
4,154,817	-		AMB_RS19100	0.27	-1.0
4,154,817	-		AMB_RS19100	0.27	-1.0
4,154,817	-		AMB_RS19100	0.27	-0.3
4,154,995	+		AMB_RS19100	0.41	+2.0
4,154,995	+		AMB_RS19100	0.41	+0.1
4,154,995	+		AMB_RS19100	0.41	+0.5
4,154,996	-		AMB_RS19100	0.41	-0.3
4,154,996	-		AMB_RS19100	0.41	-0.6
4,154,996	-		AMB_RS19100	0.41	-1.4
4,155,033	+		AMB_RS19100	0.44	-0.2
4,155,034	-		AMB_RS19100	0.44	-1.0
4,155,034	-		AMB_RS19100	0.44	-1.0
4,155,034	-		AMB_RS19100	0.44	-0.3
4,155,034	-		AMB_RS19100	0.44	-0.8
4,155,188	-		AMB_RS19100	0.56	-1.0
4,155,188	-		AMB_RS19100	0.56	+0.8
4,155,263	+		AMB_RS19100	0.62	-0.2
4,155,329	+		AMB_RS19100	0.67	-1.6
4,155,330	-		AMB_RS19100	0.67	-1.1