Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23

Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS04830

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

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Per-strain Table

Position	Strand	LocusTag	Fraction	M9+starch
				remove
1,000,000	+	DZA65_RS04825	0.26	-0.3
1,000,000	+	DZA65_RS04825	0.26	+0.0
1,000,001	-	DZA65_RS04825	0.26	-0.9
1,000,001	-	DZA65_RS04825	0.26	-1.1
1,000,001	-	DZA65_RS04825	0.26	-0.3
1,000,048	+	DZA65_RS04825	0.29	-1.8
1,000,048	+	DZA65_RS04825	0.29	+0.7
1,000,048	+	DZA65_RS04825	0.29	-0.2
1,000,049	-	DZA65_RS04825	0.29	-0.2
1,000,049	-	DZA65_RS04825	0.29	+0.5
1,000,049	-	DZA65_RS04825	0.29	+0.2
1,000,049	-	DZA65_RS04825	0.29	-0.5
1,000,049	-	DZA65_RS04825	0.29	+0.8
1,000,051	+	DZA65_RS04825	0.30	-0.2
1,000,052	-	DZA65_RS04825	0.30	+1.8
1,000,083	+	DZA65_RS04825	0.32	+2.5
1,000,083	+	DZA65_RS04825	0.32	-0.3
1,000,084	-	DZA65_RS04825	0.32	+0.5
1,000,084	-	DZA65_RS04825	0.32	-1.8
1,000,084	-	DZA65_RS04825	0.32	+0.9
1,000,138	+	DZA65_RS04825	0.36	+0.2
1,000,138	+	DZA65_RS04825	0.36	+0.4
1,000,139	-	DZA65_RS04825	0.36	-1.8
1,000,139	-	DZA65_RS04825	0.36	+2.4
1,000,139	-	DZA65_RS04825	0.36	-0.1
1,000,149	+			-1.1
1,000,149	+	DZA65_RS04825	0.37	-1.8
1,000,149	+	DZA65_RS04825	0.37	-0.1
1,000,149	+	DZA65_RS04825	0.37	+0.4
1,000,150	-			-1.1
1,000,171	+	DZA65_RS04825	0.38	-1.3
1,000,198	+	DZA65_RS04825	0.41	+0.1
1,000,199	-	DZA65_RS04825	0.41	-2.1
1,000,288	+	DZA65_RS04825	0.47	-0.3
1,000,309	+	DZA65_RS04825	0.49	+1.4
1,000,309	+	DZA65_RS04825	0.49	-0.3
1,000,310	-	DZA65_RS04825	0.49	+1.5
1,000,355	-	DZA65_RS04825	0.52	+1.5
1,000,495	+	DZA65_RS04825	0.63	-0.6
1,000,528	+	DZA65_RS04825	0.65	-2.0
1,000,528	+	DZA65_RS04825	0.65	-1.7
1,000,528	+	DZA65_RS04825	0.65	-0.2
1,000,529	-	DZA65_RS04825	0.65	+0.9
1,000,529	-	DZA65_RS04825	0.65	-1.7
1,000,529	-	DZA65_RS04825	0.65	+0.8
1,000,552	-			+1.6
1,000,574	+	DZA65_RS04825	0.69	-0.1
1,000,574	+	DZA65_RS04825	0.69	+1.1
1,000,575	-	DZA65_RS04825	0.69	-0.2
1,000,575	-			-1.5
1,000,575	-	DZA65_RS04825	0.69	-0.7
1,000,575	-	DZA65_RS04825	0.69	+0.7
1,000,575	-	DZA65_RS04825	0.69	-2.3
1,000,575	-	DZA65_RS04825	0.69	+0.1
1,000,576	+	DZA65_RS04825	0.69	-1.1
1,000,576	+			-2.1
1,000,577	-	DZA65_RS04825	0.69	-0.2
1,000,586	+	DZA65_RS04825	0.70	+0.8
1,000,586	+	DZA65_RS04825	0.70	+0.3
1,000,587	-	DZA65_RS04825	0.70	-0.5
1,000,616	+	DZA65_RS04825	0.72	+0.6
1,000,616	+	DZA65_RS04825	0.72	+2.5
1,000,617	-	DZA65_RS04825	0.72	+1.2
1,000,617	-	DZA65_RS04825	0.72	+0.0
1,000,675	+	DZA65_RS04825	0.76	-0.1
1,000,676	-	DZA65_RS04825	0.76	+0.4
1,000,676	-	DZA65_RS04825	0.76	+0.5
1,000,714	-	DZA65_RS04825	0.79	-0.1
1,000,781	-	DZA65_RS04825	0.84	+0.0
1,000,804	+	DZA65_RS04825	0.86	-0.6
1,000,804	+	DZA65_RS04825	0.86	+0.1
1,000,805	-	DZA65_RS04825	0.86	-1.0
1,000,851	+			-1.1
1,000,851	+	DZA65_RS04825	0.89	+0.5
1,000,851	+	DZA65_RS04825	0.89	-1.5
1,000,851	+	DZA65_RS04825	0.89	+0.3
1,000,852	-	DZA65_RS04825	0.89	-0.0
1,000,852	-	DZA65_RS04825	0.89	+0.4
1,000,852	-	DZA65_RS04825	0.89	+0.4
1,000,852	-	DZA65_RS04825	0.89	+0.0
1,000,852	-	DZA65_RS04825	0.89	+0.1
1,000,852	-	DZA65_RS04825	0.89	+3.7
1,000,853	+	DZA65_RS04825	0.89	-1.1
1,000,853	+	DZA65_RS04825	0.89	-1.3
1,000,853	+	DZA65_RS04825	0.89	-0.2
1,000,853	+			-1.1
1,000,854	-	DZA65_RS04825	0.90	-2.2
1,000,854	-	DZA65_RS04825	0.90	+1.2
1,000,854	-	DZA65_RS04825	0.90	+2.8
1,000,854	-	DZA65_RS04825	0.90	-1.2
1,000,854	-	DZA65_RS04825	0.90	+0.5
1,000,854	-	DZA65_RS04825	0.90	+0.1
1,000,873	+			+0.1
1,000,874	-			-0.9
1,000,874	-			+1.1
1,000,930	+			-0.9
1,000,930	+			-0.2
1,000,930	+			+1.5
1,000,930	+			-1.1
1,000,931	-			+0.8
1,000,931	-			+0.4
1,000,931	-			-0.8
1,000,931	-			-0.7
1,000,931	-			-0.0
1,000,942	+			+1.0
1,001,004	+			-0.5
1,001,004	+			-0.3
1,001,005	-			+0.8
1,001,005	-			-0.2
1,001,005	-			-0.5
1,001,068	-			+0.1
1,001,070	+			+1.1
1,001,070	+			+0.4
1,001,070	+			+1.1
1,001,076	+			-0.4
1,001,076	+			-0.8
1,001,076	+			+0.2
1,001,076	+			+0.4
1,001,076	+			-0.4
1,001,076	+			+0.7
1,001,076	+			-0.1
1,001,076	+			+0.1
1,001,077	-			+0.1
1,001,077	-			+0.3
1,001,154	+			+0.2
1,001,154	+			+0.9
1,001,154	+			-0.1
1,001,155	-			+0.6
1,001,155	-			+1.1
1,001,155	-			-0.3
1,001,155	-			+0.7
1,001,155	-			-2.1
1,001,155	-			-0.3
1,001,155	-			+0.2
1,001,163	+			-0.2
1,001,163	+			-0.8
1,001,164	-			-1.5
1,001,174	-			-0.1
1,001,185	-	DZA65_RS04830	0.11	-1.8
1,001,185	-	DZA65_RS04830	0.11	+2.1
1,001,185	-	DZA65_RS04830	0.11	+1.1
1,001,229	+	DZA65_RS04830	0.13	+0.9
1,001,229	+	DZA65_RS04830	0.13	+0.3
1,001,230	-	DZA65_RS04830	0.13	-0.1
1,001,257	+	DZA65_RS04830	0.15	-2.5
1,001,257	+	DZA65_RS04830	0.15	-0.0
1,001,257	+	DZA65_RS04830	0.15	-0.2
1,001,258	-	DZA65_RS04830	0.15	+0.6
1,001,258	-	DZA65_RS04830	0.15	+0.2
1,001,258	-	DZA65_RS04830	0.15	-0.6
1,001,277	+	DZA65_RS04830	0.16	-0.1
1,001,277	+			+0.8
1,001,280	+	DZA65_RS04830	0.16	-1.8
1,001,280	+	DZA65_RS04830	0.16	-2.7
1,001,280	+	DZA65_RS04830	0.16	-1.8
1,001,280	+	DZA65_RS04830	0.16	-0.5
1,001,280	+	DZA65_RS04830	0.16	-0.8
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	-1.8
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	-0.5
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	+0.2
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	-0.5
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	-0.4
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	-0.3
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	-2.5
1,001,281	-	DZA65_RS04830	0.16	+0.5
1,001,287	+	DZA65_RS04830	0.17	-2.1
1,001,428	+	DZA65_RS04830	0.25	-0.2
1,001,428	+	DZA65_RS04830	0.25	-0.7
1,001,428	+	DZA65_RS04830	0.25	-1.4
1,001,428	+	DZA65_RS04830	0.25	-0.1
1,001,429	-	DZA65_RS04830	0.25	+3.1
1,001,429	-	DZA65_RS04830	0.25	+0.7
1,001,451	+	DZA65_RS04830	0.26	-0.5
1,001,451	+	DZA65_RS04830	0.26	+1.5
1,001,454	+	DZA65_RS04830	0.26	+0.7
1,001,454	+	DZA65_RS04830	0.26	-0.7
1,001,454	+	DZA65_RS04830	0.26	+0.1
1,001,454	+	DZA65_RS04830	0.26	-1.5
1,001,455	-			+0.7
1,001,455	-	DZA65_RS04830	0.26	+1.9
1,001,455	-	DZA65_RS04830	0.26	+2.2
1,001,455	-	DZA65_RS04830	0.26	+0.1
1,001,463	+	DZA65_RS04830	0.27	+0.6
1,001,548	+	DZA65_RS04830	0.32	+0.6
1,001,548	+	DZA65_RS04830	0.32	-1.5
1,001,548	+	DZA65_RS04830	0.32	-1.2
1,001,549	-	DZA65_RS04830	0.32	+0.4
1,001,553	+	DZA65_RS04830	0.32	+0.5
1,001,553	+	DZA65_RS04830	0.32	-0.9
1,001,553	+	DZA65_RS04830	0.32	+0.8
1,001,553	+	DZA65_RS04830	0.32	-0.2
1,001,553	+	DZA65_RS04830	0.32	-1.8
1,001,553	+	DZA65_RS04830	0.32	+0.5
1,001,553	+	DZA65_RS04830	0.32	+0.4
1,001,554	-	DZA65_RS04830	0.32	-0.8
1,001,554	-	DZA65_RS04830	0.32	+0.1
1,001,554	-	DZA65_RS04830	0.32	-0.5
1,001,554	-	DZA65_RS04830	0.32	+1.2
1,001,554	-	DZA65_RS04830	0.32	-0.1
1,001,574	+	DZA65_RS04830	0.33	-1.6
1,001,580	+	DZA65_RS04830	0.33	+0.5
1,001,580	+	DZA65_RS04830	0.33	-2.1
1,001,581	-	DZA65_RS04830	0.33	+0.1
1,001,590	+	DZA65_RS04830	0.34	+0.5
1,001,591	-	DZA65_RS04830	0.34	+0.8
1,001,604	+	DZA65_RS04830	0.35	+0.5
1,001,605	-	DZA65_RS04830	0.35	-0.8
1,001,612	+	DZA65_RS04830	0.35	+0.1
1,001,612	+	DZA65_RS04830	0.35	+0.9
1,001,613	-	DZA65_RS04830	0.35	-0.8
1,001,625	-	DZA65_RS04830	0.36	+0.8
1,001,640	-	DZA65_RS04830	0.37	+1.2
1,001,640	-	DZA65_RS04830	0.37	-1.5
1,001,640	-	DZA65_RS04830	0.37	+0.5
1,001,640	-	DZA65_RS04830	0.37	-0.8
1,001,652	+	DZA65_RS04830	0.37	-1.8
1,001,652	+	DZA65_RS04830	0.37	-0.2
1,001,652	+	DZA65_RS04830	0.37	-0.5
1,001,652	+	DZA65_RS04830	0.37	-1.5
1,001,652	+	DZA65_RS04830	0.37	-0.1
1,001,652	+	DZA65_RS04830	0.37	+0.5
1,001,653	-	DZA65_RS04830	0.38	-1.5
1,001,698	-	DZA65_RS04830	0.40	-0.5
1,001,706	+	DZA65_RS04830	0.41	-0.0
1,001,706	+	DZA65_RS04830	0.41	-2.1
1,001,706	+	DZA65_RS04830	0.41	+1.2
1,001,706	+	DZA65_RS04830	0.41	-0.2
1,001,706	+	DZA65_RS04830	0.41	-1.5
1,001,707	-	DZA65_RS04830	0.41	-1.7
1,001,707	-	DZA65_RS04830	0.41	-0.7
1,001,745	+	DZA65_RS04830	0.43	+0.9
1,001,746	-	DZA65_RS04830	0.43	-2.3
1,001,746	-	DZA65_RS04830	0.43	-1.4
1,001,746	-	DZA65_RS04830	0.43	+0.0
1,001,746	-	DZA65_RS04830	0.43	-0.7
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	+0.8
1,001,776	+			-0.5
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	+0.1
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	-0.1
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	-1.0
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	-0.1
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	+1.0
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	+0.3
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	-0.1
1,001,776	+	DZA65_RS04830	0.45	-1.2
1,001,777	-	DZA65_RS04830	0.45	-0.8
1,001,777	-	DZA65_RS04830	0.45	-2.3
1,001,777	-	DZA65_RS04830	0.45	+1.3
1,001,777	-	DZA65_RS04830	0.45	-2.1
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1,002,300	+			+1.1
1,002,300	+	DZA65_RS04830	0.74	+2.7
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1,002,360	+	DZA65_RS04830	0.78	-1.6
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1,002,427	+	DZA65_RS04830	0.82	-0.0
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1,002,594	+			-0.1
1,002,594	+			+0.8
1,002,594	+			-0.2
1,002,594	+			+0.8
1,002,595	-			-1.8
1,002,595	-			-1.8
1,002,595	-			-0.3
1,002,595	-			-1.5
1,002,595	-			+0.7
1,002,595	-			+0.1
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1,002,642	+			-0.3
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1,002,752	-			+0.0
1,002,752	-			-1.1
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1,002,813	+	DZA65_RS04835	0.29	-1.5
1,002,814	-	DZA65_RS04835	0.30	+1.1
1,002,814	-	DZA65_RS04835	0.30	-1.5
1,002,814	-	DZA65_RS04835	0.30	-0.0
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1,002,898	+	DZA65_RS04835	0.63	+0.1
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1,002,899	-	DZA65_RS04835	0.64	-2.5
1,003,013	+			-2.8
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1,003,014	-			+0.3
1,003,075	+	DZA65_RS04840	0.13	-0.3
1,003,198	+	DZA65_RS04840	0.29	+0.0
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1,003,198	+	DZA65_RS04840	0.29	+0.0
1,003,198	+	DZA65_RS04840	0.29	+0.2
1,003,198	+	DZA65_RS04840	0.29	+1.7
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1,003,199	-	DZA65_RS04840	0.29	-2.3
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1,003,257	+	DZA65_RS04840	0.37	+0.3
1,003,258	-	DZA65_RS04840	0.37	-0.7
1,003,258	-	DZA65_RS04840	0.37	-0.2
1,003,258	-	DZA65_RS04840	0.37	-1.1
1,003,258	-	DZA65_RS04840	0.37	-0.3
1,003,258	-	DZA65_RS04840	0.37	-1.1
1,003,258	-	DZA65_RS04840	0.37	-3.3
1,003,259	+	DZA65_RS04840	0.37	-0.8
1,003,298	+	DZA65_RS04840	0.42	+1.2
1,003,298	+	DZA65_RS04840	0.42	-0.7
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1,003,299	-	DZA65_RS04840	0.42	+0.1
1,003,299	-	DZA65_RS04840	0.42	+0.5
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1,003,462	-	DZA65_RS04840	0.64	-0.7
1,003,462	-	DZA65_RS04840	0.64	+0.1
1,003,462	-	DZA65_RS04840	0.64	+0.7
1,003,462	-	DZA65_RS04840	0.64	-1.8
1,003,498	+	DZA65_RS04840	0.69	-0.1
1,003,498	+	DZA65_RS04840	0.69	+0.5
1,003,498	+	DZA65_RS04840	0.69	-0.2
1,003,498	+	DZA65_RS04840	0.69	+0.9
1,003,498	+	DZA65_RS04840	0.69	-0.5
1,003,498	+	DZA65_RS04840	0.69	-0.1
1,003,499	-	DZA65_RS04840	0.69	+1.2
1,003,499	-	DZA65_RS04840	0.69	+2.5
1,003,499	-	DZA65_RS04840	0.69	-0.4
1,003,571	+	DZA65_RS04840	0.79	-2.1
1,003,571	+	DZA65_RS04840	0.79	+0.8
1,003,571	+	DZA65_RS04840	0.79	-0.7
1,003,572	-	DZA65_RS04840	0.79	-0.2
1,003,572	-	DZA65_RS04840	0.79	-1.8
1,003,572	-	DZA65_RS04840	0.79	+1.2
1,003,572	-	DZA65_RS04840	0.79	+0.0
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1,003,572	-	DZA65_RS04840	0.79	+1.2
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1,003,665	-			+1.5
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